La génétique du comportement chez le cheval en est à ses prémices. Un intérêt pour la prise en compte du comportement dans la sélection n’est apparu que récemment. De surcroît, il s’agit d’une question difficile à aborder chez cette espèce pour laquelle les animaux sont dispersés dans des conditions de vie extrêmement variées. Nous ne disposons pas de données sur le déterminisme génétique mais seulement d’indications indirectes basées sur des comparaisons de races ou de lignées. De plus grandes similarités comportementales entre animaux de même père et / ou de même race sont observées chez des poulains comme chez des adultes dans des comportements librement exprimés (jeu, distance de la mère) comme dans les réactions à des situations expérimentales. Les comportements stéréotypiques semblent liés, outre aux conditions environnementales, à la famille et à la race. Le poids relatif des facteurs environnementaux et génétiques sur le déterminisme des caractéristiques comportementales semble différer selon la caractéristique considérée. Les différences observées entre familles ou races peuvent aussi être liées à des facteurs épigénétiques (effet maternel par exemple). Une prise en compte du comportement dans la sélection des chevaux paraît souhaitable et possible, à condition de bien cerner le caractère concerné, comment le mesurer, et d’évaluer l’impact des facteurs épigénétiques.