Comparison of different spatial strategies for sampling a core collection of natural populations of fodder crops - Archive ouverte HAL Access content directly
Journal Articles Genetics Selection Evolution Year : 1998

Comparison of different spatial strategies for sampling a core collection of natural populations of fodder crops

Comparaison de différentes stratégies spatiales d'échantillonnage d'une core collection parmi des populations naturelles d'espèces fourragères

(1) , (1) , (2) , (3) , (3)
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Abstract

Seven different strategies for sampling a core collection are compared in large collections of natural populations of two fodder crop species (Lolium perenne and Medicago truncatula) previously evaluated for agronomic traits. The first five strategies consist of random or stratified sampling methods with one level of classification of the population (classification based on agronomic traits with or without a geographic contiguity constraint, based on the country or region of origin, or on spatial structures of populations). The last one of these strategies is based on geostatistical analysis, which allows studies of the spatial pattern of genetic diversity. The two remaining strategies are based on the principal component score strategy (PCSS), which consists of maximising a distance criterion between populations, this criterion being applied to agronomic traits of the populations or to their spatial components after geostatistical analysis. The different strategies are compared using two criteria: i) their capacity to capture the phenotypic diversity of the whole collection, as measured by the Shannon index; ii) their ability to restore the spatial structuration of the initial collection, measured by distance between maps for agronomic traits. The comparisons for the two species show that strategies that take into account spatial structuration of diversity give the best results for both criteria.
Sept stratégies d’échantillonnage d’une core collection sont comparées sur deux collections de populations naturelles d’espèces fourragères (Lolium perenne et Medicago truncatula) préalablement évaluées pour des caractéristiques agronomiques. Les cinq premières stratégies consistent en des tirages aléatoires simples ou stratifiés selon un seul niveau de classification des populations: (i) aléatoire simple (stratégie Random); (ii) stratifié selon une classification basée sur les caractéristiques agronomiques (stratégie Stratagro); (iii) stratifié selon la région ou le pays d’origine (stratégie Stratreg); (iv) stratifié selon les caractéristiques agronomiques avec contrainte de contiguïté géographique (stratégie Straconti); (v) stratifié selon les structures spatiales des populations (stratégie Stratspa), déterminées par les méthodes de la géostatistique. Il s’agit de méthodes statistiques adaptées à l’analyse de données spatiales et à la mise en évidence de structure ou distributions spatiales non aléatoires. Enfin, deux autres stratégies déterministes sont testées; elles sont basées sur un critère de maximisation de distance entre populations, ce critère étant appliqué aux données agronomiques de base des populations (stratégie PCSS) et à leurs composantes spatiales (stratégie SPPCSS). Les différentes stratégies sont comparées selon deux critères: leur capacité à capturer la diversité phénotypique contenue dans la collection de départ, mesurée par un indice de Shannon, et leur aptitude à restituer la structuration spatiale de la collection globale, mesurée par une distance entre cartes établies pour des caractères agronomiques. Les comparaisons montrent que, chez les deux espèces, les stratégies tenant compte des structures spatiales (Stratspa et SPPCSS) donnent les meilleurs résultats, aussi bien pour l’indice de diversité globale que pour la représentativité des cartes.
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hal-02689349 , version 1 (01-06-2020)

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  • HAL Id : hal-02689349 , version 1
  • PRODINRA : 136345

Cite

François Balfourier, Gilles Charmet, Jean-Marie Prosperi, Goulard Michel, Pascal P. Monestiez. Comparaison de différentes stratégies spatiales d'échantillonnage d'une core collection parmi des populations naturelles d'espèces fourragères. Genetics Selection Evolution, 1998, 30 (suppl. 1), pp.S215-S235. ⟨hal-02689349⟩
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