Les bactéries lactiques sont largement utilisées pour fermenter des ressources alimentaires variées. Pour fermenter de « nouvelles » ressources dans un contexte d’alimentation durable, telles que des mélanges de protéines animales et végétales, le défi consiste à designer de novo des communautés spécifiques de souches qui apportent des bénéfices supplémentaires organoleptiques et nutritionnels à ces matières premières. Notre objectif est de concevoir des communautés bactériennes capables d’hydrolyser les protéines et de fermenter les sucres des différentes ressources, dans le cas présent du lait bovin et de la farine de lupin. Notre stratégie a consisté à : i) sélectionner in silico des espèces de bactéries lactiques possédant les gènes impliqués dans le métabolisme des sucres ; ii) de cribler in vitro un ensemble de souches capables d’utiliser les protéines et les sucres du lait et/ou du lupin et iii) de concevoir des communautés ayant des fonctions complémentaires. Nos résultats montrent que les populations bactériennes dans les communautés étaient plus élevées que dans les cultures pures. De façon cohérente, les milieux fermentés par les communautés avaient un pH plus faible et une teneur plus élevée en acide lactique produit, comparativement aux cultures pures. De plus, ils contenaient des teneurs plus faibles en sucres du lupin comme le raffinose, ce qui peut être bénéfique pour réduire l’inconfort digestif associé à ce type de sucres. Enfin, il est apparu que les souches coopéraient entre elles : ainsi, les souches hydrolysant les protéines favorisaient la croissance des souches non protéolytiques, en leur fournissant peptides et acides aminés libres. Ces travaux illustrent comment les données de génome et de phénotype peuvent être exploitées pour concevoir à façon des communautés bactériennes susceptibles de moduler les propriétés sensorielles et nutritionnelles de nouvelles ressources.