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EMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE

Abstract : La spectrométrie RMN 1D proton est largement utilisée pour caractériser des matrices biologiques lors d’analyses métabolomiques. Un profil RMN 1D proton de matrice biologique est la signature spécifique d’une matrice biologique, résultant de la combinaison de tous les spectres de molécules composants ce mélange. Par conséquent, l’identification de certains composés n’est parfois basée que sur la visualisation d’un seul déplacement chimique. Elle ne peut être validée qu’en ayant recours à des expériences complémentaires RMN 2D de type HSQC ou JRES, selon les directives d’identification des métabolites [1, 2] de la Metabolomics Standards Initiative (MSI). L’identification de composés requiert donc une très bonne connaissance de la matrice étudiée ou la visualisation de matrices biologiques similaires, pour aiguiller l’identification. La Plateforme Métabolome de Bordeaux est utilisée, notamment, pour l’établissement et l’interprétation de profils métaboliques de matrices végétales, animales, microbiennes ou fongiques selon différents facteurs d’étude. Elle recense près de 90 profils différents, dont les spectres et les annotations de composés connus et inconnus sont archivés sous forme papier. L’exploitation de ces profils, pour de nouvelles annotations, relève donc d’un processus laborieux pour les analystes. C’est pourquoi il est nécessaire de pouvoir visualiser, capitaliser et organiser cette connaissance. Dans le cadre du projet MetaboHUB IA ANR, nous développons EMERODE (nuclEar MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE), une base de données et son interface web dédiée. La base de données stockera les profils décrits selon un minimum d’informations essentielles à leurs caractérisations. L’interface dédiée permettra de (i) charger de manière simple les spectres et leurs annotations, (ii) rechercher des profils de matrices selon différents filtres, (iii) visualiser et interagir avec le spectre du profil, (iv) annoter/modifier les profils de RMN 1D 1H et 13C. La visualisation du spectre d’un profil sera possible grâce à un nouvel outil, le Spectra Browser. Celui-ci se basera sur la libraire SpeckTackle [3] qui permet la visualisation et l’interaction avec le spectre. Les annotations seront projetées sous forme de symboles sur un panneau de visualisation à l’échelle du spectre, et positionné sous celui-ci. Les métabolites identifiés seront reliés aux composés correspondants dans les autres bases de données (HMDB, Chebi) et plus particulièrement PeakForest, la base de données de spectres de références, développée dans le cadre de MetaboHUB, et dont une partie des composés a été acquise dans les mêmes conditions d’extraction et d’acquisition. Ainsi, chaque nouvelle annotation viendra enrichir la base de données elle-même pour de futures annotations.
Mots-clés : metabolomic
Type de document :
Poster
Liste complète des métadonnées

https://hal.inrae.fr/hal-02741930
Déposant : Migration Prodinra <>
Soumis le : mercredi 3 juin 2020 - 02:53:36
Dernière modification le : mercredi 9 décembre 2020 - 14:50:02

Identifiants

  • HAL Id : hal-02741930, version 1
  • PRODINRA : 368095

Collections

Citation

Marie Lefebvre, Mickael Maucourt, Annick Moing, Dominique Rolin, Daniel Jacob, et al.. EMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE. 10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016. ⟨hal-02741930⟩

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