Transcriptome méthanogène pour réduire les émissions de méthane par les ruminants
Résumé
Ce projet vise à apporter une meilleure compréhension des mécanismes microbiens de la méthanogenèse ruminale par la caractérisation du métabolisme méthanogène hydrogénotrophe. La croissance de quatre souches méthanogènes, Methanobrevibacter ruminantium (Mr), M. smithii (Ms), M. wolinii (Mw) et Methanobacterium formicium (Mf), a été suivie en mesurant la densité optique (DO), mais aussi la consommation et la production de gaz (H2 et méthane (CH4)). Des mesures microcalorimétriques ont été rajoutées au protocole initial, afin de permettre de décrire de façon plus fine le métabolisme microbien en suivant les flux de chaleur. Les quatre souches méthanogènes ont été cultivées en culture pure avec sur-pression d’hydrogène (H2). Pour Mr, souche "type" du rumen, des co-cultures avec des fibrolytiques ont été utilisées permettant de varier les pressions partielles en H2: i) Ruminococcus albus (Ra) qui produit de l’H2 ; ii) Fibrobacter succinogenes (Fs) qui produit du formate, autre substrat méthanogène. Enfin, une approche transcriptomique permettra de relier les observations phénotypiques au potentiel génétique méthanogène.