Identification de QTL pour la réactivité comportementale chez les ovins allaitants : une nouvelle piste pour faciliter la conduite des troupeaux
Résumé
The evolution of sheep extensive farming systems including increased sizes of flocks, reduced support provided by humans and use of harsh environments implies that animals are required to have a greater level of behavioural autonomy in order to contribute to a sustainable production. Social reactivity and reactivity to humans are becoming particularly relevant traits, which have previously been reported with medium to high heritabilities (0.2 to 0.5). A genome wide association study of behavioural traits was carried on. Male and female Romane lambs (n=933) reared outside were individually phenotyped just after weaning in two tests based on the presence or absence of flock-mates and/or humans. The reactivity to isolation and humans was assessed by measuring bleats, locomotion, vigilance, flight distance towards humans. QTL detection was carried out on 9 half-sib families (103 lambs per family): lambs were genotyped using the Illumina ovineSNP50 beadchip. Data were analysed using linkage analysis and association analysis implemented with the QTLmap software. Among the main results, a region of the chromosomes OAR16 and OAR19 showed highly significant association at the 0.1% genome wide threshold with traits (high bleat and locomotion respectively) involved in the active social reactivity. Additional SNP associated with active social reactivity were found on chromosomes OAR2, 3, 5, 6, 8, 10, 12, 13, 17, 20, 21, 23, 24, 25 and 26 at the 1% or 5% chromosome wide threshold. Two QTL on chromosomes OAR12 and 21 showed highly significant association at the 0.1% genome wide threshold with traits (low bleat) involved in passive social reactivity. Additional SNP associated with the passive social reactivity (low bleat or vigilance) were found on chromosomes OAR26 at the 0.1% chromosome wide threshold, OAR3, 5, 7, 12, 13, 17, 20, 21, 22, 23 and 25 at the 5% chromosome wide threshold. Lastly, six QTL were also found to be associated with reactivity to humans on chromosome OAR23 at the 5% genome wide threshold, OAR2, 4, 12, 16 and 18 at the 5% chromosome wide threshold. These results will lead to better knowledge of genetic variability of behavioural traits in sheep. SNP polymorphisms found in this study may offer opportunities for improving behavioural adaptation in sheep.
L’évolution des systèmes d’élevage ovin allaitant conduit à une plus grande autonomie des animaux. Le comportement de l’animal devient alors un levier d’action pour faciliter l’adaptation des animaux et faciliter leur conduite. Nos travaux antérieurs sur ovins ont permis d’étudier la variabilité génétique de la réactivité sociale et à l’homme et montrent que ces caractères comportementaux sont moyennement à fortement héritables (h2=0,2 à 0,5). La poursuite de l’étude du déterminisme génétique de ces caractères comportementaux impliquait la recherche de locus à effet quantitatif (QTL). Un protocole de recherche de QTL basé sur un dispositif animal de 9 familles de pères et impliquant 931 agneaux génotypés avec la puce ovine 60kSNP a été conduit sur des ovins de race Romane. Des agneaux sevrés étaient soumis individuellement à des tests comportementaux basés sur la présence ou le retrait de congénères et/ou le contact avec l’homme pour évaluer leur réactivité sociale et à l’homme. Par la suite, la détection de QTL en lien avec la réactivité comportementale des agneaux était basée sur deux méthodes complémentaires d’analyse mises en œuvre avec le logiciel QTLMap : l’analyse de liaison multi-marqueurs et l’analyse d’association. Parmi les résultats, deux QTL très significatifs (seuil génomique 0.1%) associés à une réactivité active à l’isolement social ont été identifiés sur les chromosomes 16 et 19 (vocalisations hautes et locomotion respectivement). D’autres QTL associés à cette réactivité active ont été localisés sur les chromosomes 2, 3, 5, 6, 8, 10, 12, 13, 17, 20, 21, 23, 24, 25 et 26 aux seuils chromosomiques 1 ou 5%. Deux QTL très significatifs (seuil génomique 0.1%) associés à une réactivité passive à l’isolement social (vocalisations basses) ont été identifiés sur les chromosomes 12 et 21. D’autres QTL associés à cette réactivité passive (vocalisation basse ou vigilance) ont été localisés sur le chromosome 26 au seuil chromosomique 0.1% et sur les chromosomes 3, 5, 7, 12, 13, 17, 20, 21, 22, 23 et 25 au seuil chromosomique 5%. Enfin, six QTL associés à la réactivité à l’homme ont été mis en évidence sur les chromosomes 23 au seuil génomique 5%, et sur les chromosomes 2, 4, 12, 16 et 18 au seuil chromosomique 5%. Ces premiers QTL identifiés chez les ovins pour des caractères comportementaux contribuent à améliorer la connaissance du déterminisme génétique des caractères comportementaux chez les ovins. Ils permettent également d’envisager de renforcer l’adaptation des ovins à leur milieu d’élevage à partir de la prise en compte de caractères comportementaux sous réserve de leur intégration dans les objectifs de sélection.