L'autonomie protéique des élevages de ruminants ne peut pas se concevoir en dehors d'une recherche d'autonomie alimentaire globale des troupeaux du fait des interactions alimentaires étroites entre énergie et protéines au sein des rations. Cette autonomie alimentaire doit également être recherchée au sein d'un espace conférant ainsi une valeur ajoutée qu'il convient de concrétiser économiquement. Les préoccupations environnementales peuvent être parfois convergentes et synergiques avec la recherche de l'autonomie alimentaire. Elles concernent des espaces territoriaux dont les contours peuvent être assez différents de ceux qui contribuent à la qualification des produits. Ainsi, l'exploitation d'élevage se retrouve partie prenante d'enjeux territoriaux de nature différente qu'il convient de rendre compatibles et cohérents à travers des modes d'organisation collectives de l'activité agricole. La spécialisation des activités d'élevage d'une part et des cultures céréalières d'autre part implique la recherche de complémentarités et de coopérations entre exploitations agricoles partageant le même territoire. L'émergence de ces nouveaux modes d'organisation de l'activité agricole implique une politique publique ciblée. Cette politique doit être basée sur l'identification et l'évaluation des rôles et impacts environnementaux et écologiques des systèmes fourragers et des systèmes de cultures contribuant à l'autonomie alimentaire territoriale des élevages. Il s'agit en fait de l'avenir des régions dites de polyculture-élevage au sein desquelles le maintien d'une diversité de modes d'occupation des sols et de systèmes de production reste la voie d'un développement rural durable.