SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations

Mathieu Labernardiere; Patrice Baa-Puyoulet; Jean-Pierre Gauthier; Gérard Febvay; Federica Calevro; Yvan Rahbé; Hubert Charles; Jean-Christophe Simon; Stefano Colella

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SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations

Mathieu Labernardiere ¹ Patrice Baa-Puyoulet ¹ Jean-Pierre Gauthier ² Gérard Febvay ¹ Federica Calevro ¹ Yvan Rahbé ^{1, 3} Hubert Charles ^{1, 3} Jean-Christophe Simon ² Stefano Colella ^{1, 3}

1 BF2I - Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions

2 IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes

3 BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments

Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

Mathieu Labernardiere ¹
Author

Patrice Baa-Puyoulet ¹
Author
PersonId : 748315
Employer institution: Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’EnvironnementIdHAL : pbaapuyouletORCID : 0000-0002-7033-7245

Jean-Pierre Gauthier ²
Author

Gérard Febvay ¹
Author

Federica Calevro ¹
Author
PersonId : 748243
Employer institution: Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’EnvironnementIdHAL : federica-calevroORCID : 0000-0001-7856-9617

Yvan Rahbé ^{1, 3}
Author
PersonId : 2962
Employer institution: Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’EnvironnementIdHAL : yvan-rahbeORCID : 0000-0002-0074-4443IdRef : 074616234

Hubert Charles ^{1, 3}
Author
PersonId : 748143
IdHAL : hubert-charlesORCID : 0000-0002-0809-4705

Jean-Christophe Simon ²
Author
PersonId : 745246
Employer institution: Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’EnvironnementIdHAL : jeanchristophesimonORCID : 0000-0003-0620-5835IdRef : 090947193

Stefano Colella ^{1, 3}
Author
PersonId : 183396
Employer institution: Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’EnvironnementIdHAL : stefano-colellaORCID : 0000-0003-3139-6055IdRef : 183598113

1 BF2I - Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (INSA Bat. L. Pasteur 20 avenue Albert Einstein 69621 Villeurbanne cedex - France) StructId : 9121

INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR0203 (France) StructId : 92114
INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein, 69621 Villeurbanne cedex - France) StructId : 219748
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232

2 IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (Domaine de la Motte au Vicomte BP 35327 35653 Le Rheu - France) StructId : 190314

INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1349 (France) StructId : 92114
UR1 - Université de Rennes 1 : UMR1349 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
AGROCAMPUS OUEST : UMR1349 (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France) StructId : 108028

3 BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments (Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive. UMR CNRS 5558 Campus de La Doua - Université Claude Bernard - Lyon 1 Bâtiment Grégoire Mendel - 16 rue Raphael Dubois 69 100 Villeurbanne -- INRIA Grenoble - Rhône-Alpes Inovallée 655 avenue de l'Europe -Montbonnot 38 334 Saint Ismier Cedex France - France) StructId : 89319

Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée 655 avenue de l'Europe 38330 Montbonnot - France) StructId : 2497
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

Keywords : genome database genome annotation aphid symbionts SymbAphidBase

Document type :

Poster communications

Domain :

Computer Science [cs] / Bioinformatics [q-bio.QM]

Complete list of metadata

https://hal.inrae.fr/hal-02798649
Contributor : Migration ProdInra Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Friday, June 5, 2020 - 4:18:41 PM
Last modification on : Monday, May 30, 2022 - 2:08:03 PM

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Labernardiere_1205_ECCB14_Stra...

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HAL Id : hal-02798649, version 1
PRODINRA : 310127

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Mathieu Labernardiere, Patrice Baa-Puyoulet, Jean-Pierre Gauthier, Gérard Febvay, Federica Calevro, et al.. SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations. 13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. 1 p., 2014. ⟨hal-02798649⟩

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