La notion d'agro-écologie regroupe aujourd’hui un ensemble de nouvelles manières de produire respectant l’environnement et la santé humaine, de l’agriculture de conservation à l’agriculture écologiquement intensive en passant par l’agriculture biologique. Les changements à effectuer, pour arriver à ce mode de production, peuvent être différents selon le type d’exploitation, les conditions pédoclimatiques de la région et la manière de gérer le changement par le producteur; les enjeux et l’accompagnement sont également différenciés. La présente proposition d’article s’attache à l’analyse des phases de transition vers l’un de ces modes de culture, l’agriculture biologique, en raison de la véritable «conversion» que ce changement requiert. Partant des écarts entre les pratiques en conventionnel avant conversion et celles après conversion, nous cherchons à caractériser les différences à partir des données microéconomiques des exploitations. L’agriculteur se demande pourquoi changer un système qui fonctionne et que l’on maîtrise à peu près correctement pour se convertir à un nouveau système aux résultats incertains et que l’on maîtrise peu. D’où un effort plus ou moins grand à faire pour réaliser ce passage, auquel le conseil et la vulgarisation agricoles peut apporter des éléments essentiels de maitrise du changement, de l’organisation, de la structuration des productions, et de l’adaptation des pratiques, créant un canal entre les agriculteurs et les centres de recherche.