Notre travail débute par une analyse bibliographique récente où sont pointées les incertitudes liées principalement aux effets des apports de déjections animales et aux retournements des couverts prairiaux sur les pertes nitriques. Pour instruire les effets d'une agriculture à faible niveau d'intrants voire biologique sur la qualité des eaux infiltrées, nous avons construit un ensemble méthodologique, et appliqué ce dernier en situations de polyculture élevage sur le périmètre de protection des eaux minérales de Vittel. Cet ensemble méthodologique comprend : (i) une typologie des systèmes de culture et des milieux permettant une mise en place raisonnée de sites de mesure in situ des qualités d'eau, en parcelles conduites comme ils le souhaitent par des agriculteurs biologiques, (ii) une calibration en cours de modèles agronomiques et hydrologiques aux situations biologiques grâce aux informations issues des sites à bougies poreuses (voir ci-dessus), (iii) une mise en observation de bassins d'alimentation où d'agriculture biologique est fort présente (couvert végétaux, pratiques agricoles, débit et qualités des eaux émises). Les mesures disponibles sous les sites à bougies poreuses nous permettent :(i) de montrer que les pertes nitriques peuvent atteindre de très faibles valeurs (11 mg/l sous parcs à vaches, et 8 mg/l sous près de fauche), (ii) de pointer une difficulté : les pics de concentration qui suivent les retournements de prairies temporaires. La mise en suivi de bassins d'alimentation de sourcettes superficielles complète le dispositif. L'avenir de ces recherches viserait à mobiliser les données recueillies en parcelles équipées de bougies poreuses pour calibrer les modèles STICS et Agriflux, et à mieux modéliser les choix des systèmes de culture par les agriculteurs de périmètre.