Les marais littoraux atlantiques sont des milieux semi-aquatiques, depuis longtemps exploités par l’Homme pour l’élevage du bétail et plus tard pour les cultures. Les marais ont été aménagés et drainés, la circulation et les niveaux d’eau sont régis par l’Homme. Ces écosystèmes sont connectés à des bassins versants qui sont des unités hydrographiques urbanisées et cultivées. L’agriculture pratiquée dans le marais et son bassin versant a grandement évolué, particulièrement ces 50 dernières années. La chimie est utilisée afin de fabriquer des fertilisants et des pesticides destinés à accroître les rendements agricoles. Cependant ces molécules ne sont pas sans effet sur la qualité de l’eau et l’environnement. Dans la majorité des exploitations agricoles, le sol se retrouve à nu une partie de l’année et lors de fortes pluies les molécules chimiques se retrouvent lessivées. On retrouve régulièrement en excès des molécules de phosphate, de nitrates et nitrites. Elles s’écoulent alors dans les nappes phréatiques et les cours d’eau avoisinants. En France, la limite de qualité pour les nitrates dans les eaux superficielles destinées à la consommation d’eau potable est de 50 mg/l, norme très suivie par l’Agence Régionale de Santé. En hiver, l’hydrodynamisme dans le marais limite la contamination de l’environnement. En été, en revanche, les eaux sont plus stagnantes et les conséquences sont : eutrophisation, hypoxie du milieu et disparition de la biodiversité. En Europe, il a été démontré une perte de 42% de la biodiversité aquatique due aux pollutions agricoles. La pratique de l’agriculture biologique permettrait de réduire de 30% l’impact des nitrates sur l’environnement aquatique. Les pratiques bio en polyculture-élevage rejettent 50% d’azote en moins. Des aménagements permettent de limiter l’impact de la pollution, une ZTHA pourrait réduire entre 15 et 41% les rejets de pesticides et un couvert végétal d’interculture pourrait réduire entre 24 et 80% les rejets azotés.