Caractérisation de nouveaux microARNs spécifiques de l’ovaire chez le Medaka (Oryzias latipes)
Résumé
The production of good quality gametes is crucial for reproduction. It relies on numerous
cellular and molecular intra-ovarian mechanisms during oogenesis. Some of these processes
have already been studied in the past. However the role of small non-coding RNA in this
function remains still poorly known. In order to determine the sequences and their role in the
medaka, a small RNA seq has been done on several specie’s tissues and a 6876 sequences list
has been established. The aim of this study is to i) establish a candidate list with an ovary
predominant profile, ii) validate the profile of 23 of them, iii) delete the expression of one of
the miRNA. All in all 559 candidates were isolated from the Prost ! file and the 23 have been
selected on different criteria (profile, annotation and structure prediction). The validation has
been done on cDNA of n=11 tissues; 9 somatic but not gonadal (fin, kidney, liver, gill,
intestine, brain, eye, muscle, heart) and 2 gonadal (ovary and testis). The profile of 12
genomic locations was analyzed; 5 of them correspond to the sequencing one, 4 have
differences and 3 of them are completely different. These data give arguments for the use of
the Prost! file in order to determine new candidates. However they will have to be
individually validated by qPCR before being chosen for CRISPR inactivation.
La production de gamètes de qualité est cruciale pour la reproduction. Elle repose sur de
nombreux mécanismes cellulaires et moléculaires intra-ovariens au cours de l’ovogénèse.
Certains de ces processus ont déjà été étudiés par le passé. En revanche le rôle des petits
ARNs non codant dans cette fonction reste encore peu connu. Dans le but de déterminer les
séquences et leur rôle chez le médaka, un small RNA seq a été effectué sur plusieurs tissus de
l’espèce et une liste de 6876 séquences a été mise en évidence. L’objectif de ce travail est de
i) établir une liste de candidats au profil ovaire prédominant, ii) valider le profil de 23 d’entre
eux, iii) abolir l’expression d’un des microARNs. Au total, 559 candidats ont été isolés à
partir du fichier Prost! et 23 ont été sélectionnés sur des critères de profil, d’annotation et de
prédiction de structure. La validation a été réalisée sur les ADNc de n=11 tissus ; 9
somatiques non gonadiques (nageoire, rein, foie, branchie, intestin, cerveau, yeux, muscle,
cœur) et 2 gonadiques (ovaire et testis). Les données de 12 microARNs ont pu être
exploitées ; 5 profils correspondent exactement à ceux du séquençage, 4 présentent des
différences, et 3 sont totalement différents. Ces résultats permettent d’argumenter en faveur
de l’utilisation du fichier Prost! pour déterminer de nouveaux candidats ; ils devront
cependant être validés par qPCR individuellement avant d’être choisis pour inactivation par
CRISPR/Cas9.