Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomics
Shaohong Feng
(1, 2, 3)
,
Josefin Stiller
(4)
,
Yuan Deng
(1, 3, 4)
,
Joel Armstrong
(5)
,
Qi Fang
(1, 3, 4)
,
Andrew Hart Reeve
(6)
,
Duo Xie
(1, 3, 7)
,
Guangji Chen
(1, 3, 7)
,
Chunxue Guo
(1, 3)
,
Brant Faircloth
(8, 9, 10)
,
Bent Petersen
(11, 4)
,
Zongji Wang
(1, 3, 12, 13)
,
Qi Zhou
(12, 13, 14)
,
Mark Diekhans
(5)
,
Wanjun Chen
(1, 3)
,
Sergio Andreu-Sánchez
(4)
,
Ashot Margaryan
(4, 15)
,
Jason Travis Howard
(16)
,
Carole Parent
(17)
,
George Pacheco
(4)
,
Mikkel-Holger Sinding
(4)
,
Lara Puetz
(4)
,
Emily Cavill
(4)
,
Ângela Ribeiro
,
Leopold Eckhart
,
Jon Fjeldså
,
Peter Hosner
,
Robb Brumfield
,
Les Christidis
,
Mads Bertelsen
,
Thomas Sicheritz-Ponten
,
Dieter Thomas Tietze
,
Bruce Robertson
,
Gang Song
,
Gerald Borgia
,
Santiago Claramunt
,
Irby Lovette
,
Saul Cowen
,
Peter Njoroge
,
John Philip Dumbacher
,
Oliver Ryder
,
Jérôme Fuchs
,
Michael Bunce
,
David Burt
,
Joel Cracraft
,
Guanliang Meng
,
Shannon Hackett
,
Peter Ryan
,
Knud Andreas Jønsson
,
Ian Jamieson
,
Rute da Fonseca
,
Edward Braun
,
Peter Houde
,
Siavash Mirarab
,
Alexander Suh
,
Bengt Hansson
,
Suvi Ponnikas
,
Hanna Sigeman
,
Martin Stervander
,
Paul Frandsen
,
Henriette van Der Zwan
,
Rencia van Der Sluis
,
Carina Visser
,
Christopher Balakrishnan
,
Andrew Clark
,
John Fitzpatrick
,
Reed Bowman
,
Nancy Chen
,
Alison Cloutier
,
Timothy Sackton
,
Scott Edwards
,
Dustin Foote
,
Subir Shakya
,
Frederick Sheldon
,
Alain Vignal
(18)
,
André Soares
,
Beth Shapiro
,
Jacob González-Solís
,
Joan Ferrer-Obiol
,
Julio Rozas
,
Marta Riutort
,
Anna Tigano
,
Vicki Friesen
,
Love Dalén
,
Araxi Urrutia
,
Tamás Székely
,
Yang Liu
,
Michael Campana
,
André Corvelo
,
Robert Fleischer
,
Kim Rutherford
,
Neil Gemmell
,
Nicolas Dussex
,
Henrik Mouritsen
,
Nadine Thiele
,
Kira Delmore
,
Miriam Liedvogel
,
Andre Franke
,
Marc Hoeppner
,
Oliver Krone
,
Adam Fudickar
,
Borja Milá
,
Ellen Ketterson
,
Andrew Eric Fidler
,
Guillermo Friis
,
Ángela Parody-Merino
,
Phil Battley
,
Murray Cox
,
Nicholas Costa Barroso Lima
,
Francisco Prosdocimi
,
Thomas Lee Parchman
,
Barney Schlinger
,
Bette Loiselle
,
John Blake
,
Haw Chuan Lim
,
Lainy Day
,
Matthew Fuxjager
,
Maude Baldwin
,
Michael Braun
,
Morgan Wirthlin
,
Rebecca Dikow
,
T. Brandt Ryder
,
Glauco Camenisch
,
Lukas Keller
,
Jeffrey Dacosta
,
Mark Hauber
,
Matthew Louder
,
Christopher Witt
,
Jimmy Mcguire
,
Joann Mudge
,
Libby Megna
,
Matthew Carling
,
Biao Wang
,
Scott Taylor
,
Glaucia Del-Rio
,
Alexandre Aleixo
,
Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos
,
Claudio Mello
,
Jason Weir
,
David Haussler
,
Qiye Li
,
Huanming Yang
,
Jian Wang
,
Fumin Lei
,
Carsten Rahbek
,
M. Thomas P. Gilbert
,
Gary Graves
,
Erich Jarvis
,
Benedict Paten
,
Guojie Zhang
1
China National GeneBank
2 KIZ - Kunming Institute of Zoology
3 BGI - Beijing Genomics Institute [Shenzhen]
4 UCPH - University of Copenhagen = Københavns Universitet
5 UC Santa Cruz - University of California [Santa Cruz]
6 Natural History Museum of Denmark
7 UCAS - University of Chinese Academy of Sciences [Beijing]
8 LSU - Louisiana State University
9 Museum of Natural Science
10 ITU - IT University of Copenhagen
11 AIMST University
12 Zhejiang University [Hangzhou, China]
13 Universität Wien = University of Vienna
14 Zhejiang University School of Medicine [China]
15 IMB NAS RA - Institute of Molecular Biology of the National Academy of Sciences of Armenia
16 Novogene
17 Duke University Medical Center
18 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
2 KIZ - Kunming Institute of Zoology
3 BGI - Beijing Genomics Institute [Shenzhen]
4 UCPH - University of Copenhagen = Københavns Universitet
5 UC Santa Cruz - University of California [Santa Cruz]
6 Natural History Museum of Denmark
7 UCAS - University of Chinese Academy of Sciences [Beijing]
8 LSU - Louisiana State University
9 Museum of Natural Science
10 ITU - IT University of Copenhagen
11 AIMST University
12 Zhejiang University [Hangzhou, China]
13 Universität Wien = University of Vienna
14 Zhejiang University School of Medicine [China]
15 IMB NAS RA - Institute of Molecular Biology of the National Academy of Sciences of Armenia
16 Novogene
17 Duke University Medical Center
18 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
Shaohong Feng
- Fonction : co premier-auteur
Yuan Deng
- Fonction : co premier-auteur
Qi Zhou
- Fonction : Auteur
- PersonId : 801317
- ORCID : 0000-0002-7419-2047
Mark Diekhans
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765063
- ORCID : 0000-0002-0430-0989
Mikkel-Holger Sinding
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797143
- ORCID : 0000-0003-1371-219X
Ângela Ribeiro
- Fonction : Auteur
Leopold Eckhart
- Fonction : Auteur
Jon Fjeldså
- Fonction : Auteur
Peter Hosner
- Fonction : Auteur
Robb Brumfield
- Fonction : Auteur
Les Christidis
- Fonction : Auteur
Mads Bertelsen
- Fonction : Auteur
Thomas Sicheritz-Ponten
- Fonction : Auteur
Dieter Thomas Tietze
- Fonction : Auteur
Bruce Robertson
- Fonction : Auteur
Gang Song
- Fonction : Auteur
Gerald Borgia
- Fonction : Auteur
Santiago Claramunt
- Fonction : Auteur
Irby Lovette
- Fonction : Auteur
Saul Cowen
- Fonction : Auteur
Peter Njoroge
- Fonction : Auteur
John Philip Dumbacher
- Fonction : Auteur
Oliver Ryder
- Fonction : Auteur
Jérôme Fuchs
- Fonction : Auteur
Michael Bunce
- Fonction : Auteur
David Burt
- Fonction : Auteur
Joel Cracraft
- Fonction : Auteur
Guanliang Meng
- Fonction : Auteur
- PersonId : 803158
- ORCID : 0000-0002-6488-1527
Shannon Hackett
- Fonction : Auteur
Peter Ryan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802842
- ORCID : 0000-0002-3356-2056
- IdRef : 081722133
Knud Andreas Jønsson
- Fonction : Auteur
Ian Jamieson
- Fonction : Auteur
Rute da Fonseca
- Fonction : Auteur
Edward Braun
- Fonction : Auteur
Peter Houde
- Fonction : Auteur
Siavash Mirarab
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1167126
- ORCID : 0000-0001-5410-1518
Alexander Suh
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793162
- ORCID : 0000-0002-8979-9992
Bengt Hansson
- Fonction : Auteur
Suvi Ponnikas
- Fonction : Auteur
Hanna Sigeman
- Fonction : Auteur
Martin Stervander
- Fonction : Auteur
Paul Frandsen
- Fonction : Auteur
Henriette van Der Zwan
- Fonction : Auteur
Rencia van Der Sluis
- Fonction : Auteur
Carina Visser
- Fonction : Auteur
Christopher Balakrishnan
- Fonction : Auteur
Andrew Clark
- Fonction : Auteur
John Fitzpatrick
- Fonction : Auteur
Reed Bowman
- Fonction : Auteur
Nancy Chen
- Fonction : Auteur
Alison Cloutier
- Fonction : Auteur
Timothy Sackton
- Fonction : Auteur
Scott Edwards
- Fonction : Auteur
Dustin Foote
- Fonction : Auteur
Subir Shakya
- Fonction : Auteur
Frederick Sheldon
- Fonction : Auteur
Alain Vignal
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744823
- IdHAL : alain-vignal
- ORCID : 0000-0002-6797-2125
- IdRef : 167816675
André Soares
- Fonction : Auteur
Beth Shapiro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 786457
- ORCID : 0000-0002-2733-7776
- IdRef : 158997832
Jacob González-Solís
- Fonction : Auteur
Joan Ferrer-Obiol
- Fonction : Auteur
Julio Rozas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 771271
- ORCID : 0000-0002-6839-9148
Marta Riutort
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805797
- ORCID : 0000-0002-2134-7674
Anna Tigano
- Fonction : Auteur
Vicki Friesen
- Fonction : Auteur
Love Dalén
- Fonction : Auteur
- PersonId : 794816
- ORCID : 0000-0001-6307-8188
Araxi Urrutia
- Fonction : Auteur
Tamás Székely
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764057
- ORCID : 0000-0003-2093-0056
- IdRef : 116535903
Michael Campana
- Fonction : Auteur
André Corvelo
- Fonction : Auteur
Robert Fleischer
- Fonction : Auteur
Kim Rutherford
- Fonction : Auteur
Neil Gemmell
- Fonction : Auteur
Nicolas Dussex
- Fonction : Auteur
Henrik Mouritsen
- Fonction : Auteur
Nadine Thiele
- Fonction : Auteur
Kira Delmore
- Fonction : Auteur
Miriam Liedvogel
- Fonction : Auteur
Andre Franke
- Fonction : Auteur
Marc Hoeppner
- Fonction : Auteur
Oliver Krone
- Fonction : Auteur
Adam Fudickar
- Fonction : Auteur
Borja Milá
- Fonction : Auteur
Ellen Ketterson
- Fonction : Auteur
Andrew Eric Fidler
- Fonction : Auteur
Guillermo Friis
- Fonction : Auteur
Ángela Parody-Merino
- Fonction : Auteur
Phil Battley
- Fonction : Auteur
Murray Cox
- Fonction : Auteur
Nicholas Costa Barroso Lima
- Fonction : Auteur
Francisco Prosdocimi
- Fonction : Auteur
Thomas Lee Parchman
- Fonction : Auteur
Barney Schlinger
- Fonction : Auteur
Bette Loiselle
- Fonction : Auteur
John Blake
- Fonction : Auteur
Haw Chuan Lim
- Fonction : Auteur
Lainy Day
- Fonction : Auteur
Matthew Fuxjager
- Fonction : Auteur
Maude Baldwin
- Fonction : Auteur
Michael Braun
- Fonction : Auteur
Morgan Wirthlin
- Fonction : Auteur
Rebecca Dikow
- Fonction : Auteur
T. Brandt Ryder
- Fonction : Auteur
Glauco Camenisch
- Fonction : Auteur
Lukas Keller
- Fonction : Auteur
Jeffrey Dacosta
- Fonction : Auteur
Mark Hauber
- Fonction : Auteur
Matthew Louder
- Fonction : Auteur
Christopher Witt
- Fonction : Auteur
Jimmy Mcguire
- Fonction : Auteur
Joann Mudge
- Fonction : Auteur
Libby Megna
- Fonction : Auteur
Matthew Carling
- Fonction : Auteur
Biao Wang
- Fonction : Auteur
Scott Taylor
- Fonction : Auteur
Glaucia Del-Rio
- Fonction : Auteur
Alexandre Aleixo
- Fonction : Auteur
Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos
- Fonction : Auteur
Claudio Mello
- Fonction : Auteur
Jason Weir
- Fonction : Auteur
David Haussler
- Fonction : Auteur
Qiye Li
- Fonction : Auteur
Huanming Yang
- Fonction : Auteur
Fumin Lei
- Fonction : Auteur
Carsten Rahbek
- Fonction : Auteur
M. Thomas P. Gilbert
- Fonction : Auteur
- PersonId : 781073
- ORCID : 0000-0002-5805-7195
Gary Graves
- Fonction : Auteur
Erich Jarvis
- Fonction : Auteur
Benedict Paten
- Fonction : Auteur
Guojie Zhang
- Fonction : Auteur
Résumé
Whole-genome sequencing projects are increasingly populating the tree of life and characterizing biodiversity1–4. Sparse taxon sampling has previously been proposed to confound phylogenetic inference5, and captures only a fraction of the genomic diversity. Here we report a substantial step towards the dense representation of avian phylogenetic and molecular diversity, by analysing 363 genomes from 92.4% of bird families—including 267 newly sequenced genomes produced for phase II of the Bird 10,000 Genomes (B10K) Project. We use this comparative genome dataset in combination with a pipeline that leverages a reference-free whole-genome alignment to identify orthologous regions in greater numbers than has previously been possible and to recognize genomic novelties in particular bird lineages. The densely sampled alignment provides a single-base-pair map of selection, has more than doubled the fraction of bases that are confdently predicted to be under conservation and reveals extensive patterns of weak selection in predominantly non-coding DNA. Our results demonstrate that increasing the diversity of genomes used in comparative studies can reveal more shared and lineage-specifc variation, and improve the investigation of genomic characteristics. We anticipate that this genomic resource will ofer new perspectives on evolutionary processes in cross-species comparative analyses and assist in eforts to conserve species.
Fichier principal
Feng et al. - 2020 - Dense sampling of bird diversity increases power o.pdf (11.12 Mo)
Télécharger le fichier
Origine | Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte |
---|