Identification des déterminants génétiques impliqués dans les défenses du pois contre le puceron Acyrthosiphon pisum.
Abstract
Le pois (Pisum sativum) constitue une culture d’importance majeure parmi les légumineuses pour ses qualités de plante protéagineuse, notamment en Europe en réduisant la part de protéines végétales importées ainsi que pour son rôle dans la rotation des cultures en fixant l’azote atmosphérique dans le sol. Cependant, ces dernières années, les rendements ont été rendus instables dus aux contraintes biotiques et abiotiques. Pour lutter contre certains ravageurs, les producteurs ont recours à de grandes quantités de pesticides qui sont coûteuses et dangereuses pour l’environnement et la santé humaine. Pour ces raisons, des alternatives sont mises en œuvre tels que le développement de stratégies d’utilisation et de gestion des résistances génétiques. Le puceron vert du pois (Acyrthosiphon pisum) est un ravageur important des cultures de légumineuses et créée des dommages directement en se nourrissant de la sève phloémienne au cours des périodes d’infestations et indirectement en étant vecteur de virus pathogènes. Cette espèce de puceron forme un complexe d'au moins 15 biotypes, chacun est adapté pour se nourrir sur une ou quelques espèces de légumineuses et révèle des performances réduites sur d'autres espèces. Nos travaux de recherche portent sur la compréhension des mécanismes génétiques et moléculaires des interactions plante-puceron conduisant à la résistance hôte et non-hôte des légumineuses face à A. pisum. Un phénotypage par test de fécondité de puceron sur plante a été réalisé pour déterminer les profils de résistance de 240 génotypes de pois face à deux biotypes d’A. pisum, l’un adapté et l’autre non-adapté au pois. Aucune résistante complète au biotype adapté d’A. pisum n’a été observée dans les accessions de pois , alors que de nombreuses accessions ont montré une résistance complète au biotype non-adapté. De plus, de grandes variations de niveaux de résistance quantitative ont été observées parmi les génotypes de pois face aux deux biotypes d'A. pisum. A partir de données de séquençage exome capture obtenues sur les 240 génotypes dans le cadre du projet PeaMUST, une approche de génétique d’association sur le génome entier (GWAS), a été réalisée afin d’identifier les déterminants génétiques de la résistance du pois aux deux biotypes d’A. pisum. Les résultats ont permis de mettre en évidence des loci significativement associés à la résistance du pois sur le chromosome 7, incluant des loci spécifiques de chacun des deux biotypes d’A. pisum, dont l’un présentant un effet majeur, et deux loci communs aux deux biotypes. Une analyse d’haplotypes dans les intervalles sous-jacents à ces loci a confirmé des différences significatives de phénotypes entre groupes de lignées partageant les mêmes haplotypes. Cette approche a permis d’identifier une liste de génotypes de pois dont les comportements de résistance seront confirmés au champ. Elle a permis d’identifier des loci et gènes candidats sous-jacents à valider expérimentalement pour leur implication dans la compatibilité et incompatibilité du pois aux différents biotypes d’A. pisum.