Les micro-organismes telluriques, de par leur abondance et leur richesse, jouent un rôle central dans le fonctionnement des écosystèmes et sont des bioindicateurs intéressants pour évaluer l’impact des pratiques agricoles sur la qualité des sols. L’enjeu est de favoriser leur utilisation pour accompagner l’innovation dans le monde agricole. Cette thèse a pour objectif de permettre une meilleure compréhension des dynamiques spatiales et temporelles des communautés microbiennes du sol à l’échelle du paysage. Pour cela, nous proposons de modéliser ces dynamiques et de partager les connaissances aux acteurs du monde agricole via un OAD (outil d’aide à la décision). Le paysage de Fénay (1200ha, Dijon) est un terrain d’expérimentation permettant de répondre à ces objectifs au travers d’un échantillonnage intensif (267 points en 2011, 2016 et 2019) qui caractérise les communautés microbiennes et les paramètres physicochimiques du sol en regard de l’inventaire réalisé sur les pratiques agricoles. L’abondance des communautés microbiennes et la richesse procaryotique suivent une distribution spatiale hétérogène au sein du paysage et varient localement au cours du temps. Les ressources du sol comme les pratiques agricoles impactent l’abondance et la diversité microbienne de manières différentes. Des dépendances temporelles des communautés microbiennes aux pratiques agricoles antérieures ont été observées, traduisant des effets cumulatifs et de précédent. En nous reposant sur des données multi-sources, un modèle multi-agents intégrant des paradigmes écologiques et sociaux a été développé et permet d’anticiper les impacts des pratiques agricoles sur plusieurs années. Sa validation est réalisée via une exploration du modèle et des ateliers participatifs.