The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement
Pré-Publication, Document De Travail Année : 2021

The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae

Nicolas Parisot
Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions
CV
Carlos Vargas-Chavez
  • Fonction : Auteur
Clément Goubert
Patrice Baa-Puyoulet
CV
Séverine Balmand
CV
Louis Beranger
  • Fonction : Auteur
Caroline Blanc
  • Fonction : Auteur
Aymeric Bonnamour
  • Fonction : Auteur
Matthieu Boulesteix
Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
Eléments transposables, évolution, populations [LBBE]
Nelly Burlet
Federica Calevro
CV
Patrick Callaerts
Théo Chancy
  • Fonction : Auteur
Hubert Charles
Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions
CV
Stefano Colella
André da Silva Barbosa
  • Fonction : Auteur
Elisa Dell’aglio
Alex Di Genova
Gérard Febvay
  • Fonction : Auteur
Toni Gabaldon
  • Fonction : Auteur
Mariana Galvão Ferrarini
Alexandra Gerber
Benjamin Gillet
Robert Hubley
Sandrine Hughes
Emmanuelle Jacquin-Joly
Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris
Justin Maire
Marina Marcet-Houben
Florent Masson
Camille Meslin
Nicolas Montagne
  • Fonction : Auteur
Andrés Moya
  • Fonction : Auteur
Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
  • Fonction : Auteur
Gautier Richard
Jeb Rosen
Marie-France Sagot
  • Fonction : Auteur
Arian F.A. Smit
Jessica Storer
Carole Vincent-Monegat
CV
Agnès Vallier
Aurélien Vigneron
Anna Zaidman-Remy
Waël Zamoum
  • Fonction : Auteur
Cristina Vieira
Eléments transposables, évolution, populations [LBBE]
Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE]
Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
CV
Rita Rebollo
CV
Amparo Latorre
Abdelaziz Heddi
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 748780
  • IdHAL : aziz-heddi

Résumé

Abstract Background The rice weevil Sitophilus oryzae is one of the most important agricultural pests, causing extensive damage to cereal in fields and to stored grains. S. oryzae has an intracellular symbiotic relationship (endosymbiosis) with the Gram-negative bacterium Sodalis pierantonius and is a valuable model to decipher host-symbiont molecular interactions. Results We sequenced the Sitophilus oryzae genome using a combination of short and long reads to produce the best assembly for a Curculionidae species to date. We show that S. oryzae has undergone successive bursts of transposable element (TE) amplification, representing 72% of the genome. In addition, we show that many TE families are transcriptionally active, and changes in their expression are associated with insect endosymbiotic state. S. oryzae has undergone a high gene expansion rate, when compared to other beetles. Reconstruction of host-symbiont metabolic networks revealed that, despite its recent association with cereal weevils (30 Kyear), S. pierantonius relies on the host for several amino acids and nucleotides to survive and to produce vitamins and essential amino-acids required for insect development and cuticle biosynthesis. Conclusions Here we present the genome of an agricultural pest beetle, which may act as a foundation for pest control. In addition, S. oryzae may be a useful model for endosymbiosis, and studying TE evolution and regulation, along with the impact of TEs on eukaryotic genomes.

Domaines

Sciences du Vivant [q-bio]

Camille Meslin  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.inrae.fr/hal-04706472

Soumis le : lundi 23 septembre 2024-16:36:27

Dernière modification le : mercredi 30 octobre 2024-13:24:38

Consulter le texte intégral

Dates et versions

hal-04706472 , version 1 (23-09-2024)

Identifiants

Citer

Nicolas Parisot, Carlos Vargas-Chavez, Clément Goubert, Patrice Baa-Puyoulet, Séverine Balmand, et al.. The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae. 2024. ⟨hal-04706472⟩

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