Ce rapport présente les recherches menées pendant 5 années sur le fonctionnement des écosystèmes aquatiques de la Sélune. Il offre un état des lieux de la situation écologique avant la disparition des deux grands lacs sur son cours principal, l’arasement des barrages et la remise en continuité source-océan. Les principaux résultats sont présentés de manière synthétique, un ensemble plus détaillé (notamment donné dans les rapports intermédiaires annuels) étant annexé à ce rapport final. Par une approche à l’échelle du bassin versant (incluant le cours principal du fleuve, ses affluents et ses lacs), les biocénoses aquatiques au sens large, des microorganismes photosynthétiques aux poissons, ont été étudiées sous l’angle de la structure des communautés par des inventaires dans chaque groupe, sous l’angle des fonctions écologiques comme l’activité photosynthétique et la dégradation de la matière organique, ou encore sous l’angle du fonctionnement des réseaux trophiques grâce à l’étude des isotopes stables. Un travail spécifique sur l’écrevisse invasive, dont on pense qu’elle peut modifier fortement les biocénoses natives et les équilibres écologiques, a été mené en parallèle. Les principaux résultats mettent en évidence les ruptures de continuité amont-aval et aval-amont engendrées par les barrages actuels, et leurs conséquences en matière de fonctionnement écologique. Notamment, on met en évidence une forte production dans les lacs, dont la tendance eutrophe se traduit de manière récurrente par l’apparition de blooms à cyanobactéries. Le blocage du transfert naturel des nutriments marins vers l’amont via les poissons diadromes est souligné. Le fonctionnement forcé de l’écosystème lotique à l’aval des barrages actuels est analysé. On relève aussi que les ressources trophiques disponibles à l’amont des barrages, dans le cours principal ou dans les affluents, sont propices à accueillir les populations de poissons diadromes dès la remise en continuité. Enfin, on estime que les fortes abondances d’écrevisses du Pacifique dans les cours d’eau à l’amont des barrages n’entraînent pas de bouleversement majeur du fonctionnement actuel des réseaux trophiques. Le rétablissement des continuités écologiques amont-aval et aval-amont va permettre de gommer certaines spécificités du fonctionnement écologique du fleuve actuellement observées à l’aval des barrages. Les nouveaux habitats lotiques dans les gorges de la Sélune devraient être propices en terme de production de nourriture pour les juvéniles de poissons migrateurs, saumon en particulier, alors que les affluents en tête de bassin versant seront favorables à l’établissement de l’anguille. Ces espèces diadromes vont modifier la pression de prédation sur les réseaux trophiques à l’amont, et l’une des conséquences prévisibles est la baisse des abondances d’écrevisses, dont l’anguille est consommatrice. Le risque de mise en place d’un écosystème instable, avec notamment l’apparition de bloom à cyanobactérie, semble mineur. Une attention particulière devra toutefois être portée sur l’évolution du silure à l’aval des gorges, dont la présence d’une population naturalisée et fonctionnelle est confirmée par des observations récentes sur le terrain. Ainsi, les recherches réalisées dans le projet « réseaux trophiques » ont révélé certains traits principaux de fonctionnement et de dysfonctionnement des écosystèmes aquatiques de la Sélune en présence des barrages et de leurs lacs. Cet état des lieux donne des éléments clés pour comprendre la restauration fonctionnelle de l’écosystème dans les années qui suivront la remise en continuité écologique par l’arasement des barrages.