Face à l’augmentation exponentielle des données issues du séquençage complet de nombreux organismes, les puces à ADN représentent un formidable outil d’analyse et de modélisation du fonctionnement des génomes. Le choix des séquences sondes (les séquences déposées sur la lame) représente une analyse bioinformatique relativement complexe incluant des recherches de similitude de séquences et des calculs thermodynamiques. Au laboratoire, le logiciel ROSO (http://pbil.univ-lyon1.fr/roso/Home.php) a été développé dans ce but. Dans cet exposé, nous aborderons la démarche d’optimisation dans son intégralité à partir du choix des gènes à imprimer sur la lame jusqu’à la sélection des séquences sondes. Quatre critères principaux seront principalement considérés. Le premier est la spécificité des oligonucléotides par rapport à l’ensemble des gènes étudiés, mais aussi par rapport à l’ensemble des gènes pour lesquels l’utilisateur veut éviter un phénomène d’hybridation croisée. Cette spécificité est testée avec le programme Blast, paramétré de façon à conserver toutes les homologies de l'ordre de 70 % sur une longueur minimale de 20 bases. Le second critère est l’absence de formation de structures secondaires (épingles à cheveux et homoduplex). Les sondes sélectionnées doivent être dépourvues de telles structures et doivent être localisées dans des zones de similitude minimale. Le troisième critère est la température de fusion (Tm) qui est calculée à l’aide du modèle thermodynamique dit du « plus proche voisin ». Dans notre approche, nous retenons le jeu de sondes présentant une variabilité minimale de Tm. Enfin, diverses contraintes peuvent être appliquées pour finalement sélectionner les séquences à déposer (localisation sur le gène, taux de GC, ancrage GC…). Les principaux outils disponibles sur le web seront mentionnés et une présentation rapide de l’interface web de ROSO sera proposée, l’utilisation du logiciel étant plus précisément développée au cours de la partie pratique. Les personnes participants à la partie « travaux dirigés» peuvent apporter leurs données (fichiers.txt de séquences au format fasta).