Atelier Bases de données génomiques et métaboliques : présentation des bases BioCyc développées dans l’UMR BF2I
Abstract
L’équipe SymT de l’UMR BF2i a développé plusieurs bases de données spécifiques pour l’analyse et la comparaison des réseaux métaboliques d’insectes et de bactéries symbiotiques grâce au système d’information CycADS , . CycADS permet d’enrichir les annotations génomiques primaires, de les uniformiser, d’éliminer les contaminants et de présenter les données au travers d’une interface unique fournie par le projet BioCyc . L’interface BioCyc posssède de nombreux utilitaires pour la représentation, l’analyse et la comparaison des réseaux métaboliques.
Les bases métaboliques disponibles actuellement sont les suivantes :
AphidCyc : http://aphidcyc.cycadsys.org/ (compagnon d’aphidbase pour les métabolismes de pucerons au génome séquencé)
Arthropodacyc : http://arthropodacyc.cycadsys.org (métabolismes d’arthropodes au génome séquencé)
SymbaphidCyc : http://symbaphidcyc.cycadsys.org/ (métabolismes de couples d’arthropodes symbiotiques associés et aux génomes séquencés)
A titre d’exemple, on s’intéressera dans cette démonstration au métabolisme des acides aminés aromatiques tyrosine et phénylalanine chez diverses espèces de pucerons associées à leur bactérie symbiotique Buchnera aphidicola.