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Conference papers

Atelier Bases de données génomiques et métaboliques : présentation des bases BioCyc développées dans l’UMR BF2I

Abstract : L’équipe SymT de l’UMR BF2i a développé plusieurs bases de données spécifiques pour l’analyse et la comparaison des réseaux métaboliques d’insectes et de bactéries symbiotiques grâce au système d’information CycADS , . CycADS permet d’enrichir les annotations génomiques primaires, de les uniformiser, d’éliminer les contaminants et de présenter les données au travers d’une interface unique fournie par le projet BioCyc . L’interface BioCyc posssède de nombreux utilitaires pour la représentation, l’analyse et la comparaison des réseaux métaboliques. Les bases métaboliques disponibles actuellement sont les suivantes : AphidCyc : http://aphidcyc.cycadsys.org/ (compagnon d’aphidbase pour les métabolismes de pucerons au génome séquencé) Arthropodacyc : http://arthropodacyc.cycadsys.org (métabolismes d’arthropodes au génome séquencé) SymbaphidCyc : http://symbaphidcyc.cycadsys.org/ (métabolismes de couples d’arthropodes symbiotiques associés et aux génomes séquencés) A titre d’exemple, on s’intéressera dans cette démonstration au métabolisme des acides aminés aromatiques tyrosine et phénylalanine chez diverses espèces de pucerons associées à leur bactérie symbiotique Buchnera aphidicola.
Document type :
Conference papers
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https://hal.inrae.fr/hal-03510598
Contributor : Hubert Charles Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, January 4, 2022 - 3:31:41 PM
Last modification on : Monday, February 28, 2022 - 4:12:02 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-03510598, version 1

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Citation

Hubert Charles, Patrice Baa-Puyoulet. Atelier Bases de données génomiques et métaboliques : présentation des bases BioCyc développées dans l’UMR BF2I. 11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA),, Nov 2018, Rennes, France. ⟨hal-03510598⟩

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