La Directive cadre européenne sur l’eau a placé l’hydrobiologie au cœur de l’évaluation de la qualité des milieux aquatiques. Cette vision constitue une évolution forte et logique, dans le sens du cheminement suivi en France avec la mise en œuvre de la première loi sur l’eau en 1964 . Cette importance donnée à la biologie a généré des besoins variés, traduits par une demande forte adressée au monde scientifique pour le développement d’outils opérationnels qui devaient répondre aux nouvelles prescriptions communautaires et aux besoins des gestionnaires. La bioindication est redevenue une discipline de l’écologie très active, soutenue par des enjeux sociétaux forts. Nous présentons ici un aperçu des différents aspects du contexte dans lequel les indicateurs biologiques et les méthodes d’évaluation ont été développés, principalement pour les cours d’eau et les estuaires, pour montrer les enjeux auxquels ces travaux doivent faire face.