Design of a SNP parentage assignment panel for two different species of duck and their hybrid
Mise au point d'un panel d'assignation de parenté SNP unique pour deux espèces de canards et leur hybride
Résumé
In avian species, parentage assignment is one of the key to get the pedigree of animals breed without cages nor insemination. To allow its use in a large number of in dividuals (several hundred each generation in each line), the SNP marker panel should be as cheap as possible (96 SNP). In ducks, another need is the possibility of assigning two different species, the common duck and the Muscovy duck, and also hybrids from these two species: the mules duck. The objective of this study was to develop a small SNP chip panel efficient for both species and their hybrid. First, 192 SNP from the 670K SNP chip were selected, based on the feasibility of moving from one genotyping technology to a new one, on their quality, and on their polymorphism. The 192 SNP were genotyped on 334 samples, including the parents of experimental lines for which a parentage assignment was needed, and samples already genotyped on the 670K SNP chip for validation purpose. Among the 192 SNP, the 96 best SNP were chosen based on several quality filters: call rate < 0.95, zero mendelian incompatibility, high minor allelic frequency, and low linkage disequilibrium. Progenies of the experimental lines were successfully assigned with the 96 selected SNP. As the 192 SNP used here come from a high-density SNP chip developed using several commercial breeds, specific panels of 96 SNP should be informative for parentage assignment of other breeds than the two experimental lines targeted in this study.
En espèces avicoles, l'assignation de parenté représente une alternative au suivi du pedigree réalisé via la cage individuelle et l'insémination avec la semence d'un mâle identifié. Compte-tenu des effectifs d'animaux par génération et de la valeur de chaque individu, un enjeu majeur est le coût du panel d'assignation, conditionné par le nombre de marqueurs. Un défi supplémentaire existe chez le canard, où deux espèces sont croisées pour obtenir un hybride : l'assignation du mulard nécessite des marqueurs fonctionnant chez le mulard, ainsi que chez le canard commun et le canard de Barbarie. L'objectif est le développement d'un panel d'assignation de parenté de 96 marqueurs SNP pour l'assignation de canetons Pékin, Barbarie et mulards obtenus sans recours à la cage. Compte-tenu des effectifs importants éclos par génération, il est important que le panel soit de la plus petite taille possible afin de minimiser son coût d'utilisation. A partir de la puce bi-espèce canard 670K SNP, 192 marqueurs ont été présélectionnés. Les critères de choix ont porté sur la faisabilité d'un changement de technologie, et sur la qualité et le polymorphisme des marqueurs. Les 192 marqueurs retenus ont été génotypés sur les parents des animaux des lignées expérimentales à assigner, ainsi que sur des animaux ayant des liens de filiation connus, pour un total de 334 échantillons. Les marqueurs présentant un taux de génotypage supérieur à 95% et aucune incompatibilité mendélienne ont été conservés, puis un tri a été effectué sur la fréquence allélique, et le déséquilibre de liaison. Une liste de 96 marqueurs a été proposée à l'issue de ces filtres. Les taux d'assignation élevés obtenus avec ces 96 marqueurs (autour de 98%) ont permis de valider la qualité du panel. Les 192 marqueurs utilisés étant issus d'une puce développée sur plusieurs lignées commerciales aux orientations diverses, il devrait être possible de proposer des listes de 96 marqueurs opérationnelles pour d'autres lignées.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)