La colibacillose aviaire est une maladie multifactorielle provoquée par la bactérie Escherichia coli, un hôte commun du tube digestif des volailles. E. coli a la particularité de présenter une grande diversité de souches : si la plupart sont non pathogènes, certaines possèdent des facteurs de virulence susceptibles de déclencher une colibacillose. L’étude Colisée avait pour objectif de mettre en évidence des pistes de prévention de cette maladie par la caractérisation de marqueurs de virulence des souches d’E.coli et l’identification de pratiques d’élevage particulièrement à risque. Cette étude a été conduite dans 80 élevages de poulets de chair entre 2017 et 2019, avec deux visites : l’une à la mise en place (chiffonnettes dans le bâtiment avant l’arrivée des poussins, prélèvement de poussins et chiffonnette de fond de boite à l’arrivée des poussins, notation de leur qualité, de leur comportement, mesures d’ambiance), et l’autre à trois semaines d’âge (mesures d’ambiance, notation du comportement des poulets). En cas de suspicion d’une colibacillose par l’éleveur, des poulets ont été envoyés au laboratoire pour diagnostic bactériologique. Près d’une centaine de marqueurs de virulence ont été recherchés sur les souches isolées d’environnement d’élevage ou de cas cliniques de colibacillose. Les résultats indiquent qu’ E. coli a été identifié dans 47% des bâtiments avant l’arrivée des poussins, sur fonds de boîte à la livraison des animaux dans 95% des lots et sur poussin dans 79% des lots. Des colibacilloses ont été signalées dans 39% des élevages. L’étude des facteurs de risque a permis d’identifier des facteurs d’élevages liés à la biosécurité (passage du camion d’équarrissage, lutte contre les rongeurs, pratique de désinfection du bâtiment et traitement de l’eau) et à l’accueil des poussins (hygrométrie, homogénéité des poussins et méthode de déchargement). Un modèle prédictif a également mis en évidence une influence plus importante des pratiques d’élevage par rapport à celle de la virulence des souches d’E. coli présentes au démarrage sur le déclenchement de la colibacillose.