En accord avec la théorie des "origines développementales de la santé et de la maladie" (DOHaD), les preuves s'accumulent pour suggérer que les risques de maladie à l'âge adulte sont en partie programmés par l'exposition à des facteurs environnementaux au cours de la période hautement plastique des "1 000 premiers jours de la vie". L'élucidation des mécanismes qui interviennent dans cette programmation constitue un challenge car elle aiderait à développer de nouvelles stratégies pour promouvoir la santé des adultes. Dans ce contexte, le microbiome intestinal suscite l’intérêt puisqu’il pourrait constituer une mémoire durable de l'environnement néonatal. Cette proposition est soutenue par des résultats indiscutables tels que la concomitance de l'assemblage du microbiote et de la période des 1 000 premiers jours, l'influence des conditions périnatales sur la composition du microbiote et l'impact de la composition du microbiote sur la physiologie de l'hôte. Néanmoins cet éventuel rôle de mémoire repose aussi sur l'idée largement répandue mais non confirmée que le microbiote est façonné durablement dès le début de la vie. Ce cours est dédié à l’examen de la plausibilité de la programmation du microbiote intestinal par l'environnement néonatal et de sa réalité épidémiologique et expérimentale. Au final, la programmation durable de la composition du microbiote par des événements néonatals apparaît peu probable mais ceci n’invalide pas la contribution du microbiote intestinal dans la DOHaD, via son interaction avec le développement des organes pendant les périodes critiques de la vie néonatale.