Exploitation bioinformatique de la comparaison des transcriptomes de tissus adipeux de chèvres lactantes et non lactantes
Résumé
The objective of this study was to compare the lipid storage mechanisms in adipose tissue of lactating goats (in phase of mobilization of fat reserves) and non-lactating (lipid storage phase). A high-throughput RNA sequencing (RNA-seq) extracted from adipose tissue showed that 252 genes were differentially expressed. We have exploited these results using several bioinformatics tools. A Gene Ontological (GO) analyzes allowed classifying these Differentially Expressed Genes (DEG) in 14 biological processes. Enrichment tests were then performed and revealed an enrichment of GO associated with lipid metabolism. Metabolic pathways and network construction enrichment tools have enabled us to identify the pathways of fatty acid and their degradation, specifically targeting two key regulators, leptin and HNF4A transcription factor. Thus, we were able to show that these DEG in the adipose tissue of dairy goats are mostly involved in oxidation and lipid synthesis. These results are just the first hypotheses and these analyses must be performed by confronting with zootechnic data and caprine annotations. The operating strategy of the data could be used for the analysis of new RNA-seq
data.
Exploitation bioinformatique de la comparaison des transcriptomes de tissus adipeux de chèvres lactantes et non lactantes
L’objectif de cette étude a été de comparer les mécanismes de stockage lipidique dans les tissus adipeux de chèvres lactantes (en phase de mobilisation des réserves lipidiques) et non lactantes (en phase de stockage lipidique). Un séquençage haut débit des ARN (RNA-seq) extraits du tissu adipeux a montré que 252 gènes étaient différentiellement exprimés (GDE). Nous avons exploité ces résultats à l’aide de plusieurs outils bio-informatiques. Une analyse Gene Ontologique (GO) a permis de classer ces GDE dans 14 processus biologiques. Des tests d’enrichissement ont mis en évidence un enrichissement des GO associés au métabolisme lipidique. Des outils d’enrichissement de voies métaboliques et de construction de réseaux nous ont ensuite permis d’identifier les pathways des acides gras et de leur dégradation en ciblant notamment deux régulateurs clés, la leptine et le facteur de transcription HNF4A. Nous avons ainsi pu mettre en évidence que ces GDE dans les tissus adipeux de chèvres laitières sont surtout impliqués dans l’oxydation et la synthèse des lipides. Ces résultats ne sont que des premières hypothèses et ces analyses devront être poursuivies en les confrontant aux données zootechniques et aux annotations caprines. Cette stratégie d’exploitation des données pourra servir à l’analyse de nouvelles données RNA-seq
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