Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repository - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Access content directly
Conference Poster Year : 2023

Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repository

Conception et réalisation d’un outil d’aide à la soumission de données méta-omiques microbiennes dans un entrepôt international

Abstract

INRAE PROSE has coordinated the development of DeepOmics, an information system dedicated to meta-omics datasets in the field of environmental biotechnology. DeepOmics offers the possibility to upload, query and export 16S metabarcoding data from several environmental biotechnologies, together with many relevant associated metadata, especially regarding operating conditions and process design. To date, DeepOmics has all the data and metadata necessary for submission of the datasets to international repositories such as the European Nucleotide Archive (ENA), but submission remains a manual and rather complex process. In collaboration with the French Institute of Bioinformatics (IFB), we designed and developed a R-shiny plug-in application, DeepOmics Submission, to prepare and automate raw sequencing data submission to the ENA. We will also guarantee the quality of the associated metadata by an IFB data brokering application prototype. This tool will promote the sharing and publication of environmental meta-omics datasets in agreement with open science and FAIR data principles.
INRAE PROSE a coordonné le développement de DeepOmics, un système d’information dédié aux ensembles de données méta-omiques dans le domaine de la biotechnologie environnementale. DeepOmics offre la possibilité de télécharger, d’interroger et d’exporter des données de métabarcoding 16S provenant de plusieurs biotechnologies environnementales, ainsi que de nombreuses métadonnées associées pertinentes, notamment en ce qui concerne les conditions d’exploitation et la conception des processus. À ce jour, DeepOmics dispose de toutes les données et métadonnées nécessaires pour soumettre les ensembles de données à des entrepôt internationaux tels que l’European Nucleotide Archive (ENA), mais la soumission reste un processus manuel et assez complexe. En collaboration avec l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), nous avons conçu et développé une application plug-in R-shiny, DeepOmics Submission, pour préparer et automatiser la soumission des données brutes de séquençage à l’ENA. Nous garantirons également la qualité des métadonnées associées grâce à un prototype d’application de courtage de données IFB. Cet outil favorisera le partage et la publication d’ensembles de données méta-omiques environnementales en accord avec les principes de la science ouverte et des données FAIR.
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hal-04139284 , version 1 (23-06-2023)

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Identifiers

  • HAL Id : hal-04139284 , version 1

Cite

Baptiste Rousseau, Véronique Jamilloux, Thomas Denecker, Hélène Chiapello, Ariane Bize. Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repository. JOBIM 2023, Jun 2023, Nancy, France. . ⟨hal-04139284⟩
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