Parentage assignment in three duck experimental lines using a set o 96 molecular markers
CONSTRUCTION A POSTERIORI DU PEDIGREE D'UNE POPULATION EXPERIMENTALE DE CANARDS A L'AIDE D'OUTILS MOLECULAIRES
Résumé
With the 2010/63/UE directive coming into force, the INRAE experimental facilities dealing with waterfowl had to imagine a new scheme in order to produce cohorts of offspring of known pedigree in three populations of ducks without resorting to cages for layers. A set of 96 SNP markers was therefore used to obtain pedigree knowledge through parentage assignment. In each parental population, roughly 96 dams were dispatched in 3 cells. Within each cell, they were split into 3 or 4 groups, and were inseminated using a mixed pool of semen from 3 to 4 drakes. The hierarchical mating design commonly used in poultry breeding was therefore replaced with a factorial design. In order to avoid tricky situations in the parentage assignment, such as a difficulty to find which of two brothers is the true sire (conversely which of two sisters is the true dam), groups of parents were built so that no sibs were pooled together. Despite the limited number of markers, assignment success was very high (above 96%) for common and mule offspring. Missing parents led to a reduced success rate (88%) for Muscovy offspring. Therefore, this set of markers offers a possible alternative to individual cages, including in breeding companies which are concerned by the forthcoming EU ban of cages, provided the availability of a tool allowing for the control of laying performances of females.
L’entrée en vigueur de la directive 2010/63/UE relative à la protection des animaux utilisés à des fins scientifiques a conduit l’Unité Expérimentale des Palmipèdes à Foie Gras (INRAE) à reconsidérer la conduite de ses lignées nécessitant la connaissance du pedigree. Pour connaitre la généalogie de 3 populations de canards (Pékin, Barbarie et leur hybride mulard) dans un programme expérimental en cours, il s’agissait de concevoir un plan d’accouplement au sol (sans recourir aux cages individuelles pour les femelles) compatible avec l’utilisation d’un panel de 96 marqueurs SNP développé parallèlement. Dans chaque cellule (3 par population parentale) environ 32 femelles étaient réparties en 4 groupes de 8 pour les canes de Barbarie ou 3 groupes de 11 pour les canes Pékin. Chacun de de ces groupes était inséminé par la semence mélangée d’un pool de 4 mâles. On a donc remplacé un schéma hiérarchique classique en volailles (1 ♂ et k ♀) par un schéma factoriel (p ♂ et q ♀) habituellement rencontré en aquaculture. Les groupes de reproducteurs étaient constitués de façon à faciliter l’assignation, c’est-à-dire en évitant de rassembler des frères ou des sœurs au sein du même groupe. La consanguinité attendue a également été limitée en évitant les pères communs entre groupes de ♂ et de ♀ associés. Malgré la taille réduite du panel (96 marqueurs), son pouvoir d’assignation et la connaissance du plan d’accouplement et de la cellule où l’œuf a été ramassé ont permis la réassignation à un couple unique pour plus de 96% des individus en mulards et Pékin. Pour les Barbarie, l’absence d’une dizaine de génotypes parentaux a fait chuter ce succès à 88%. Sous réserve de pouvoir contrôler la ponte, ce type de panel concourt, pour un coût limité, à la mise en œuvre d’alternatives à la cage individuelle en sélection
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)