Genomic prediction and landscape genomics in a large maize landraces collection using high-throughput pool genotyping identifies promising sources of diversity for prebreeding
Agustin O. Galaretto
(1)
,
Brigitte Gouesnard
(2)
,
Delphine Madur
(1)
,
Sarah Ben-Sadoun
(1)
,
Sarah Hearne
,
Valérie Combes
(1)
,
Carlotta Balconi
,
Ana Butrón
,
Pedro Revilla
,
Rosa Ana Malvar
,
Anne Zanetto
,
Ana Maria Barata
,
Danela Murariu
,
Natalija Kravic
,
Beate Schierscher-Viret
,
Pedro Mendes-Moreira
,
A.R. Pereira
,
Hrvoje Šarčević
,
Monica Menz
,
Stéphane Melkior
,
Benoit Pétiard
,
Thomas Presterl
,
Bettina Kessel
,
A. Strigens
,
Amélie Le Foll
,
Carole Derue
,
Alain Murigneux
,
Ulrike Lohwasser
,
Cyril Bauland
(1)
,
Sandra Goritschnig
,
Violeta Andjelkovic
,
Alain Charcosset
(1)
,
Stéphane D. Nicolas
(1)
Agustin O. Galaretto
- Fonction : présentateur
Brigitte Gouesnard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 745668
- IdHAL : brigitte-gouesnard
- ORCID : 0000-0002-9288-9745
Sarah Hearne
- Fonction : Auteur
Carlotta Balconi
- Fonction : Auteur
Ana Butrón
- Fonction : Auteur
Pedro Revilla
- Fonction : Auteur
Rosa Ana Malvar
- Fonction : Auteur
Anne Zanetto
- Fonction : Auteur
Ana Maria Barata
- Fonction : Auteur
Danela Murariu
- Fonction : Auteur
Natalija Kravic
- Fonction : Auteur
Beate Schierscher-Viret
- Fonction : Auteur
Pedro Mendes-Moreira
- Fonction : Auteur
A.R. Pereira
- Fonction : Auteur
Hrvoje Šarčević
- Fonction : Auteur
Monica Menz
- Fonction : Auteur
Stéphane Melkior
- Fonction : Auteur
Benoit Pétiard
- Fonction : Auteur
Thomas Presterl
- Fonction : Auteur
Bettina Kessel
- Fonction : Auteur
A. Strigens
- Fonction : Auteur
Amélie Le Foll
- Fonction : Auteur
Carole Derue
- Fonction : Auteur
Alain Murigneux
- Fonction : Auteur
Ulrike Lohwasser
- Fonction : Auteur
Sandra Goritschnig
- Fonction : Auteur
Violeta Andjelkovic
- Fonction : Auteur
Résumé
Maize landraces are a valuable source of genetic diversity for facing climate change due to their local adaptation. High-throughput pool genotyping (HPG) is a cost-effective approach to genotype maize landraces and identify promising sources of alleles for tolerance to abiotic stress. We applied this approach on a large world-wide collection of maize landraces to i) characterize its genetic structuration; ii) identify genomic regions involved in adaptation through environmental association studies; iii) perform genomic prediction (GP) of both adaptive and agronomic traits. Landraces were structured according to their history and environmental conditions. GP yielded high accuracy, allowing to identify promising landraces. We identified genomic regions associated with bioclimatic variables that could be putatively involved in adaptation to abiotic stress. Combining eco-genetic and genomic prediction opens an avenue for using these genetic resources for prebreeding.
