Introduction et Objectifs : Les parasites Ascaridia galli et Heterakis gallinarum sont des parasites intestinaux appartenant à la famille des nématodes. Ils infectent les volailles mais présentent une pathogénicité différente. Les œufs de ces parasites sont retrouvés dans les fientes des animaux infestés et peuvent engendrer des co-infestions d’animaux. Ils ont des morphologies proches avec une légère différence de taille (75/80 x 45/50 μm pour A. galli et 63/75 x 36/50 μm pour H. gallinarum). Bien que les vers vivent à des endroits différents du tractus digestif (jejunum pour A. galli / caeca pour H. gallinarum), les œufs émis par les vers femelles de chaque espèce se retrouvent mélangés dans les fientes. De plus, seuls les œufs embryonnés sont infestants pour la volaille. Il est donc nécessaire de trouver un moyen d’identifier et de séparer ces populations parasitaires quasi-similaires morphologiquement par cytométrie en flux afin de pouvoir les étudier et les caractériser individuellement (infections expérimentales, biologie moléculaire…). Matériel et Méthodes : Les expériences ont été réalisées à partir d’échantillons contenant une population parasitaire pure obtenue après séparation des vers adultes lors d’autopsies de poulets co-infestés, maintien des vers vivants ex vivo et récupération des œufs émis. Un mélange des 2 populations parasitaires : œufs d’A. galli et œufs d’H. gallinarum a ensuite été effectué. Dans le but d’infester expérimentalement des poulets, un tri d’œufs embryonnés d’A. galli a également été réalisé sur une population contenant des éléments parasitaires embryonnés et non-embryonnés. La différenciation et le tri par cytométrie en flux de ces populations parasitaires ont été réalisés grâce à un trieur de cellules MoFlo Astrios (BeckmanCoulter). La taille de la buse, les paramètres de pression et l’ensemble des réglages de tri ont été adaptés pour trier ces parasites de grande taille. Il a été ainsi possible de séparer sans marqueur fluorescent les différentes populations de macroparasites et de récupérer ces oeufs de parasites en microplaques. Résultats, Discussion et Conclusion : Les œufs d’A. galli et d’H. gallinarum sont très proches morphologiquement et donc particulièrement complexes à différencier. Les œufs embryonnés et non-embryonnés d’A. galli sont également quasi-similaires morphologiquement. Cette étude représentait ainsi un défi technique lié à la grande taille des parasites, à l’absence de marquage spécifique et au manque de données pour utiliser la buse de 200 μm sur le MoFlo Astrios EQ (BeckmanCoulter). L’adaptation de l’ensemble des réglages et des paramètres de pilotage et de seuillage a été nécessaire. Pour différencier les 2 populations parasitaires, l’association d’une combinaison de paramètres (de morphologie et d’autofluorescences) a été utilisée et plus particulièrement une combinaison des paramètres d’autofluorescence bleue après une excitation à l’aide du laser violet et d’autofluorescence verte après une excitation à l’aide du laser bleu. Des tris cellulaires de différentes quantités d’œufs de parasites par puits en microplaques de 96 et 384 ont été réalisés pour ensuite être inoculés à des poulets. L’étude ultérieure consistait à faire des essais sur les modalités d’infestations de poulets en vue d’une évaluation future de l’effet d’extraits de macro-algues lors des infestations parasitaires (Labcom Algahealth).