Le projet EMISSAGE a étudié la diversité génomique de souches françaises de 3 sérovars de Salmonella enterica subsp. enterica d'importance majeure en filière agro-alimentaire. Les génomes de 267 souches de S. Typhimurium et son variant monophasique issues d'abattoirs porcins de la région Grand Ouest et de 148 souches de S. Mbandaka isolées de fermes et d'ateliers laitiers du Nord-Ouest ont été séquencés. Leur diversité génomique a été analysée soit sur le coregénome (la part du génome partagée par l'ensemble des souches du sérovar étudié) avec un pipeline historique (iVARCall2), soit sur le pangénome (l'information génomique totalisée par l'ensemble des souches) avec un pipeline nouvellement développé (pgSNP). Ces sérovars montrent des diversités génomiques différentes. Les identifications de marqueurs génomiques spécifiquement liés à l'origine géographique ou de la spécificité d'hôte ne se sont pas avérées assez discriminantes pour une identification rapide de l'origine des souches sur le terrain.