Les relations symbiotiques qui s’établissent au début de la vie entre la communauté microbienne qui colonise l’intestin et l’hôte sont déterminantes pour la construction et la préservation de la santé du jeune mammifère. Le microbiote intestinal participe à la métabolisation de certains aliments et à la production de composés essentiels. Il joue un rôle dans la défense directe et médiée par l'hôte contre les agents pathogènes. Son action sur la différenciation et la maturation du système immunitaire mucosal et systémique ont également été mise en évidence. Chez les animaux d’élevage, optimiser la séquence d’implantation et le fonctionnement du microbiote intestinal est une stratégie prometteuse pour préserver la santé et limiter ainsi le recours aux intrants médicamenteux. Dans ce cadre, les technologies de séquençage ont permis des avancées remarquables pour (i) la caractérisation taxonomique du microbiote intestinal, (ii) la compréhension des facteurs structurant ces communautés, (iii) et leur fonctionnement. Les avancées futures en technologies de séquençage, mêlées à des approches fonctionnelles, permettront de progresser sur la connaissance des mécanismes permettant l’union sélective d’un hôte et de son microbiote, clé adaptative de l’holobionte.