Croissance bacterienne: automatisation du calcul des métriques et des graphiques des courbes de croissance sous R
Résumé
Produire un graphique représentant les courbes de croissance mesurées par densité optique (DO) et prédites concernant différentes bactéries cultivées dans différents milieux. Cela se traduit par un graphique par bactérie, avec pour chaque milieu, 2 courbes de mêmes couleurs, une en points pour les valeurs mesurées et une en ligne pour les valeurs prédites. On veut également récupérer l’aire sous les courbes mesurées et prédites pour chaque milieu. Pour cela on dispose d’un fichier .csv par bactérie avec 1 colonne pour les temps et une colonne par milieu (5 milieux = 5 colonnes) Pour calculer toutes ces métriques on utilise le package growthcurver Toutes les métriques sont calculées avec la fonction SummarizeGrowth() qui attend en entrée une colonne de temps et une colonne de mesure. Les graphiques produits par le package growthcurver sont assez basiques et ne permettent pas de combiner plusieurs courbes dans un même graphique (facet par éfaut), par conséquent on prend les choses en main.