A compendium of genetic regulatory effects across pig tissues - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Genetics Année : 2024

A compendium of genetic regulatory effects across pig tissues

Jinyan Teng (1) , Yahui Gao (2, 3, 4) , Hongwei Yin (5, 6) , Zhonghao Bai (7) , Shuli Liu (8, 9) , Haonan Zeng (1) , Lijing Bai (5) , Zexi Cai (7, 10) , Bingru Zhao (2) , Xiujin Li (11) , Zhiting Xu (12) , Qing Lin (13) , Zhangyuan Pan (14, 5) , Wenjing Yang (15, 2, 14) , Xiaoshan Yu (6) , Dailu Guan (16) , Yali Hou (17, 18) , Brittney Keel (8) , Gary Rohrer (8) , Amanda Lindholm-Perry (8) , William Oliver (8) , Maria Ballester (19) , Daniel Crespo-Piazuelo (19) , Raquel Quintanilla (19) , Oriol Canela-Xandri (6, 20) , Konrad Rawlik (21) , Charley Xia (21) , Yuelin Yao , Qianyi Zhao , Wenye Yao , Liu Yang , Houcheng Li , Huicong Zhang , Wang Liao , Tianshuo Chen , Peter Karlskov-Mortensen , Merete Fredholm , Marcel Amills , Alex Clop , Elisabetta Giuffra (22) , Jun Wu , Xiaodian Cai , Shuqi Diao , Xiangchun Pan , Chen Wei , Jinghui Li , Hao Cheng , Sheng Wang , Guosheng Su , Goutam Sahana , Mogens Sandø Lund , Jack Dekkers , Luke Kramer , Christopher Tuggle , Ryan Corbett , Martien Groenen , Ole Madsen , Marta Gòdia , Dominique Rocha (22) , Mathieu Charles (22) , Cong-Jun Li , Hubert Pausch , Xiaoxiang Hu , Laurent Frantz , Yonglun Luo , Lin Lin , Zhongyin Zhou , Zhe Zhang , Zitao Chen , Leilei Cui , Ruidong Xiang , Xia Shen , Pinghua Li , Ruihua Huang , Guoqing Tang , Mingzhou Li , Yunxiang Zhao , Guoqiang Yi , Zhonglin Tang , Jicai Jiang , Fuping Zhao , Xiaolong Yuan , Xiaohong Liu , Yaosheng Chen , Xuewen Xu , Shuhong Zhao , Pengju Zhao , Chris Haley , Huaijun Zhou , Qishan Wang , Yuchun Pan , Xiangdong Ding , Li Ma , Jiaqi Li , Pau Navarro , Qin Zhang , Bingjie Li , Albert Tenesa (21) , Kui Li , George Liu , Zhe Zhang , Lingzhao Fang
Jinyan Teng
Zhiting Xu
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Dailu Guan
Gary Rohrer
Konrad Rawlik
Yuelin Yao
Qianyi Zhao
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Wenye Yao
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Liu Yang
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Houcheng Li
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Huicong Zhang
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Wang Liao
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Tianshuo Chen
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Peter Karlskov-Mortensen
Merete Fredholm
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Marcel Amills
Alex Clop
Jun Wu
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Xiaodian Cai
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Shuqi Diao
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Xiangchun Pan
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Chen Wei
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Jinghui Li
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Hao Cheng
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Sheng Wang
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Guosheng Su
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Goutam Sahana
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Luke Kramer
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Christopher Tuggle
Ryan Corbett
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Martien Groenen
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Marta Gòdia
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Cong-Jun Li
Hubert Pausch
Xiaoxiang Hu
Laurent Frantz
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Yonglun Luo
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Zitao Chen
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Xia Shen
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Zhonglin Tang
Jicai Jiang
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Fuping Zhao
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Xiaolong Yuan
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Xuewen Xu
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Lingzhao Fang

Résumé

The Farm Animal Genotype-Tissue Expression (FarmGTEx) project has been established to develop a public resource of genetic regulatory variants in livestock, which is essential for linking genetic polymorphisms to variation in phenotypes, helping fundamental biological discovery and exploitation in animal breeding and human biomedicine. Here we show results from the pilot phase of PigGTEx by processing 5,457 RNA-sequencing and 1,602 whole-genome sequencing samples passing quality control from pigs. We build a pig genotype imputation panel and associate millions of genetic variants with five types of transcriptomic phenotypes in 34 tissues. We evaluate tissue specificity of regulatory effects and elucidate molecular mechanisms of their action using multi-omics data. Leveraging this resource, we decipher regulatory mechanisms underlying 207 pig complex phenotypes and demonstrate the similarity of pigs to humans in gene expression and the genetic regulation behind complex phenotypes, supporting the importance of pigs as a human biomedical model.
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Jinyan Teng, Yahui Gao, Hongwei Yin, Zhonghao Bai, Shuli Liu, et al.. A compendium of genetic regulatory effects across pig tissues. Nature Genetics, 2024, 56 (1), pp.112-123. ⟨10.1038/s41588-023-01585-7⟩. ⟨hal-04599954⟩
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