A compendium of genetic regulatory effects across pig tissues
Jinyan Teng
(1)
,
Yahui Gao
(2, 3, 4)
,
Hongwei Yin
(5, 6)
,
Zhonghao Bai
(7)
,
Shuli Liu
(8, 9)
,
Haonan Zeng
(1)
,
Lijing Bai
(5)
,
Zexi Cai
(7, 10)
,
Bingru Zhao
(2)
,
Xiujin Li
(11)
,
Zhiting Xu
(12)
,
Qing Lin
(13)
,
Zhangyuan Pan
(14, 5)
,
Wenjing Yang
(15, 2, 14)
,
Xiaoshan Yu
(6)
,
Dailu Guan
(16)
,
Yali Hou
(17, 18)
,
Brittney Keel
(8)
,
Gary Rohrer
(8)
,
Amanda Lindholm-Perry
(8)
,
William Oliver
(8)
,
Maria Ballester
(19)
,
Daniel Crespo-Piazuelo
(19)
,
Raquel Quintanilla
(19)
,
Oriol Canela-Xandri
(6, 20)
,
Konrad Rawlik
(21)
,
Charley Xia
(21)
,
Yuelin Yao
,
Qianyi Zhao
,
Wenye Yao
,
Liu Yang
,
Houcheng Li
,
Huicong Zhang
,
Wang Liao
,
Tianshuo Chen
,
Peter Karlskov-Mortensen
,
Merete Fredholm
,
Marcel Amills
,
Alex Clop
,
Elisabetta Giuffra
(22)
,
Jun Wu
,
Xiaodian Cai
,
Shuqi Diao
,
Xiangchun Pan
,
Chen Wei
,
Jinghui Li
,
Hao Cheng
,
Sheng Wang
,
Guosheng Su
,
Goutam Sahana
,
Mogens Sandø Lund
,
Jack Dekkers
,
Luke Kramer
,
Christopher Tuggle
,
Ryan Corbett
,
Martien Groenen
,
Ole Madsen
,
Marta Gòdia
,
Dominique Rocha
(22)
,
Mathieu Charles
(22)
,
Cong-Jun Li
,
Hubert Pausch
,
Xiaoxiang Hu
,
Laurent Frantz
,
Yonglun Luo
,
Lin Lin
,
Zhongyin Zhou
,
Zhe Zhang
,
Zitao Chen
,
Leilei Cui
,
Ruidong Xiang
,
Xia Shen
,
Pinghua Li
,
Ruihua Huang
,
Guoqing Tang
,
Mingzhou Li
,
Yunxiang Zhao
,
Guoqiang Yi
,
Zhonglin Tang
,
Jicai Jiang
,
Fuping Zhao
,
Xiaolong Yuan
,
Xiaohong Liu
,
Yaosheng Chen
,
Xuewen Xu
,
Shuhong Zhao
,
Pengju Zhao
,
Chris Haley
,
Huaijun Zhou
,
Qishan Wang
,
Yuchun Pan
,
Xiangdong Ding
,
Li Ma
,
Jiaqi Li
,
Pau Navarro
,
Qin Zhang
,
Bingjie Li
,
Albert Tenesa
(21)
,
Kui Li
,
George Liu
,
Zhe Zhang
,
Lingzhao Fang
1
SCAU -
South China Agricultural University
2 CAU - China Agricultural University
3 USDA - USDA Agricultural Research Service [Maricopa, AZ]
4 University of Maryland [Baltimore]
5 CAAS - Chinese Academy of Agricultural Sciences
6 School of Engineering, The University of Edinburgh, Edinburgh, United Kingdom
7 Aarhus University [Aarhus]
8 USDA - United States Department of Agriculture
9 Westlake University [Zhejiang]
10 Center for Quantitative Genetics and Genomics
11 Zhongkai University of Agriculture and Engineering
12 SCAU - Agence SCAU
13 LMOPS - Laboratoire Matériaux Optiques, Photonique et Systèmes
14 UC - University of California
15 Department of Medicine [Feinberg School of Medicine, Northwestern University]
16 UC Davis - University of California [Davis]
17 Bovine Functional Genomics Laboratory, ANRI
18 Laboratory of Disease Genomics and Individualized Medicine, Beijing Institute of Genomics
19 IRTA - Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries = Institute of Agrifood Research and Technology
20 MRC Human Genetics Unit at the MRC, Institute of Genetics and Molecular Medicine, Western General Hospital
21 Edin. - University of Edinburgh
22 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
2 CAU - China Agricultural University
3 USDA - USDA Agricultural Research Service [Maricopa, AZ]
4 University of Maryland [Baltimore]
5 CAAS - Chinese Academy of Agricultural Sciences
6 School of Engineering, The University of Edinburgh, Edinburgh, United Kingdom
7 Aarhus University [Aarhus]
8 USDA - United States Department of Agriculture
9 Westlake University [Zhejiang]
10 Center for Quantitative Genetics and Genomics
11 Zhongkai University of Agriculture and Engineering
12 SCAU - Agence SCAU
13 LMOPS - Laboratoire Matériaux Optiques, Photonique et Systèmes
14 UC - University of California
15 Department of Medicine [Feinberg School of Medicine, Northwestern University]
16 UC Davis - University of California [Davis]
17 Bovine Functional Genomics Laboratory, ANRI
18 Laboratory of Disease Genomics and Individualized Medicine, Beijing Institute of Genomics
19 IRTA - Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries = Institute of Agrifood Research and Technology
20 MRC Human Genetics Unit at the MRC, Institute of Genetics and Molecular Medicine, Western General Hospital
21 Edin. - University of Edinburgh
22 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
Jinyan Teng
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1388800
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Hongwei Yin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1388801
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Zexi Cai
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1263659
- ORCID : 0000-0002-9579-3415
Dailu Guan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1388802
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Yali Hou
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1388803
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Gary Rohrer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1388804
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Maria Ballester
- Fonction : Auteur
- PersonId : 984898
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Daniel Crespo-Piazuelo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1265336
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Konrad Rawlik
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1255846
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Yuelin Yao
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1388805
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Qianyi Zhao
- Fonction : Auteur
Wenye Yao
- Fonction : Auteur
Liu Yang
- Fonction : Auteur
Houcheng Li
- Fonction : Auteur
Huicong Zhang
- Fonction : Auteur
Wang Liao
- Fonction : Auteur
Tianshuo Chen
- Fonction : Auteur
Peter Karlskov-Mortensen
- Fonction : Auteur
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Merete Fredholm
- Fonction : Auteur
Marcel Amills
- Fonction : Auteur
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Alex Clop
- Fonction : Auteur
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Elisabetta Giuffra
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736095
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Jun Wu
- Fonction : Auteur
Xiaodian Cai
- Fonction : Auteur
Shuqi Diao
- Fonction : Auteur
Xiangchun Pan
- Fonction : Auteur
Chen Wei
- Fonction : Auteur
Jinghui Li
- Fonction : Auteur
Hao Cheng
- Fonction : Auteur
Sheng Wang
- Fonction : Auteur
Guosheng Su
- Fonction : Auteur
Goutam Sahana
- Fonction : Auteur
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Mogens Sandø Lund
- Fonction : Auteur
Jack Dekkers
- Fonction : Auteur
Luke Kramer
- Fonction : Auteur
Christopher Tuggle
- Fonction : Auteur
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Ryan Corbett
- Fonction : Auteur
Martien Groenen
- Fonction : Auteur
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Ole Madsen
- Fonction : Auteur
Marta Gòdia
- Fonction : Auteur
Mathieu Charles
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : mathieu-charles
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Cong-Jun Li
- Fonction : Auteur
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Hubert Pausch
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1047549
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Xiaoxiang Hu
- Fonction : Auteur
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Laurent Frantz
- Fonction : Auteur
Yonglun Luo
- Fonction : Auteur
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Lin Lin
- Fonction : Auteur
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Zhongyin Zhou
- Fonction : Auteur
Zhe Zhang
- Fonction : Auteur
Zitao Chen
- Fonction : Auteur
Leilei Cui
- Fonction : Auteur
Ruidong Xiang
- Fonction : Auteur
Xia Shen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1237087
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Pinghua Li
- Fonction : Auteur
Ruihua Huang
- Fonction : Auteur
Guoqing Tang
- Fonction : Auteur
Mingzhou Li
- Fonction : Auteur
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Yunxiang Zhao
- Fonction : Auteur
Guoqiang Yi
- Fonction : Auteur
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Zhonglin Tang
- Fonction : Auteur
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Jicai Jiang
- Fonction : Auteur
Fuping Zhao
- Fonction : Auteur
Xiaolong Yuan
- Fonction : Auteur
Xiaohong Liu
- Fonction : Auteur
Yaosheng Chen
- Fonction : Auteur
Xuewen Xu
- Fonction : Auteur
Shuhong Zhao
- Fonction : Auteur
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Pengju Zhao
- Fonction : Auteur
Chris Haley
- Fonction : Auteur
Huaijun Zhou
- Fonction : Auteur
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Qishan Wang
- Fonction : Auteur
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Yuchun Pan
- Fonction : Auteur
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- Fonction : Auteur
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- Fonction : Auteur
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Jiaqi Li
- Fonction : Auteur
Pau Navarro
- Fonction : Auteur
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Qin Zhang
- Fonction : Auteur
Bingjie Li
- Fonction : Auteur
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Albert Tenesa
Connectez-vous pour contacter l'auteur
- Fonction : Auteur correspondant
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Connectez-vous pour contacter l'auteur
Kui Li
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1388816
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George Liu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1388817
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Zhe Zhang
- Fonction : Auteur
Lingzhao Fang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1255851
- ORCID : 0000-0003-1103-3679
Résumé
The Farm Animal Genotype-Tissue Expression (FarmGTEx) project has been established to develop a public resource of genetic regulatory variants in livestock, which is essential for linking genetic polymorphisms to variation in phenotypes, helping fundamental biological discovery and exploitation in animal breeding and human biomedicine. Here we show results from the pilot phase of PigGTEx by processing 5,457 RNA-sequencing and 1,602 whole-genome sequencing samples passing quality control from pigs. We build a pig genotype imputation panel and associate millions of genetic variants with five types of transcriptomic phenotypes in 34 tissues. We evaluate tissue specificity of regulatory effects and elucidate molecular mechanisms of their action using multi-omics data. Leveraging this resource, we decipher regulatory mechanisms underlying 207 pig complex phenotypes and demonstrate the similarity of pigs to humans in gene expression and the genetic regulation behind complex phenotypes, supporting the importance of pigs as a human biomedical model.
Domaines
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