A compendium of genetic regulatory effects across pig tissues
2 CAU - China Agricultural University
3 USDA - USDA Agricultural Research Service [Maricopa, AZ]
4 UMB - University of Maryland [Baltimore]
5 CAAS - Chinese Academy of Agricultural Sciences
6 School of Engineering, The University of Edinburgh, Edinburgh, United Kingdom
7 Aarhus University [Aarhus]
8 USDA - United States Department of Agriculture
9 Westlake University [Zhejiang]
10 Center for Quantitative Genetics and Genomics
11 Zhongkai University of Agriculture and Engineering
12 SCAU - Agence SCAU
13 LMOPS - Laboratoire Matériaux Optiques, Photonique et Systèmes
14 UC - University of California
15 Department of Medicine [Feinberg School of Medicine, Northwestern University]
16 UC Davis - University of California [Davis]
17 Bovine Functional Genomics Laboratory, ANRI
18 Laboratory of Disease Genomics and Individualized Medicine, Beijing Institute of Genomics
19 IRTA - Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries = Institute of Agrifood Research and Technology
20 MRC Human Genetics Unit at the MRC, Institute of Genetics and Molecular Medicine, Western General Hospital
21 The University of Edinburgh
22 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
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Résumé
The Farm Animal Genotype-Tissue Expression (FarmGTEx) project has been established to develop a public resource of genetic regulatory variants in livestock, which is essential for linking genetic polymorphisms to variation in phenotypes, helping fundamental biological discovery and exploitation in animal breeding and human biomedicine. Here we show results from the pilot phase of PigGTEx by processing 5,457 RNA-sequencing and 1,602 whole-genome sequencing samples passing quality control from pigs. We build a pig genotype imputation panel and associate millions of genetic variants with five types of transcriptomic phenotypes in 34 tissues. We evaluate tissue specificity of regulatory effects and elucidate molecular mechanisms of their action using multi-omics data. Leveraging this resource, we decipher regulatory mechanisms underlying 207 pig complex phenotypes and demonstrate the similarity of pigs to humans in gene expression and the genetic regulation behind complex phenotypes, supporting the importance of pigs as a human biomedical model.
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