L’agroécologie est un terme polysémique qui peut être porté par des courants parfois contradictoires. Les processus de transition agroécologique induisent des tensions entre les initiatives enracinées dans les mouvements sociaux et les processus d'institutionnalisation. Les chercheurs sont ainsi tiraillés entre deux tâches potentiellement contradictoires : (i) conseiller les décideurs politiques et (ii) soutenir les agriculteurs et les parties prenantes dans leurs trajectoires endogènes. Cet article aborde cette tension en se concentrant sur le rôle des scientifiques dans les collaborations transdisciplinaires à long terme. L'étude passe en revue un atelier transdisciplinaire de deux jours organisés par la communauté de savoirs "Terres et Sols" (CoSav Terresol) qui est portée par l'Institut national français de recherche pour le développement durable (IRD). Les 40 participants, comprenant principalement des chercheuses et chercheurs, mais aussi des agricultrices, des représentantes d’ONG et des représentants des décideurs politiques, se sont engagés dans des activités réflexives et des ateliers collaboratifs afin de partager leurs expériences et d'explorer les différents narratifs de l'agroécologie et les postures de recherche impliquées dans des transitions agroécologiques. Les résultats soulignent le besoin de compétences transversales et de facilitateurs pour aider les scientifiques à dialoguer avec les différentes parties prenantes. Cela inclut la nécessité de questionner les narratifs et de considérer les implications éthiques des partenariats à long terme dans la production de connaissances agroécologiques.