Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome
. International Wheat Genome Sequencing Consortium (iwgsc)
,
Arnaud Bellec
(1)
,
Helene Berges
(1)
,
Sonia Vautrin
(1)
,
Michael Alaux
(2)
,
Françoise Alfama
(2)
,
Anne-Francoise Adam-Blondon
(2)
,
Raphaël Flores
(2)
,
Claire Guerche
(2)
,
Thomas Letellier
(2)
,
Mikaël Loaec
(2)
,
Hadi Quesneville
(2)
,
Rudi Appels
(3)
,
Philippe Rigault
(4)
,
Frédéric Choulet
(5)
,
Ambre-Aurore Josselin
(6)
,
François Balfourier
(5)
,
Etienne Paux
(5)
,
Hélène Rimbert
(5)
,
Nicolas Guilhot
(7)
,
Philippe Leroy
(5)
,
Dominique Arnaud
(8)
,
Smahane Chalabi
(8)
,
Pierre Sourdille
(5)
,
Benoît Darrier
(5)
1
CNRGV -
Centre National de Ressources Génomiques Végétales
2 URGI - Unité de Recherche Génomique Info
3 CODIR - Collège de Direction
4 Gydle Inc
5 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
6 IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes
7 UAR 1306 Direction du Système d'Information-Unité d'Appui
8 IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403) - Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay
2 URGI - Unité de Recherche Génomique Info
3 CODIR - Collège de Direction
4 Gydle Inc
5 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
6 IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes
7 UAR 1306 Direction du Système d'Information-Unité d'Appui
8 IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403) - Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay
. International Wheat Genome Sequencing Consortium (iwgsc)
- Function : Author
Arnaud Bellec
- Function : Author
- PersonId : 1204910
- IdHAL : bellec-arnaud
- ORCID : 0000-0002-7608-9537
Helene Berges
- Function : Author
- PersonId : 1203296
- ORCID : 0000-0002-5492-1062
Sonia Vautrin
- Function : Author
- PersonId : 1206514
- ORCID : 0000-0003-4446-1426
Michael Alaux
- Function : Author
- PersonId : 1207096
- IdHAL : michael-alaux
- ORCID : 0000-0001-9356-4072
Anne-Francoise Adam-Blondon
- Function : Author
- PersonId : 744113
- IdHAL : anne-francoise-adam-blondon
- ORCID : 0000-0002-3412-9086
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Raphaël Flores
- Function : Author
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Hadi Quesneville
- Function : Author
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Frédéric Choulet
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François Balfourier
- Function : Author
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- IdHAL : francois-balfourier
Etienne Paux
- Function : Author
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- IdHAL : etienne-paux
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Hélène Rimbert
- Function : Author
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- IdHAL : helene-rimbert
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Nicolas Guilhot
- Function : Author
- PersonId : 1205710
Philippe Leroy
- Function : Author
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- IdHAL : philippe-leroy
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Smahane Chalabi
- Function : Author
- PersonId : 179720
- IdHAL : smahane-chalabi
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Pierre Sourdille
- Function : Author
- PersonId : 749552
- IdHAL : pierre-sourdille
- ORCID : 0000-0002-1027-2224
- IdRef : 139291075
Abstract
An annotated reference sequence representing the hexaploid bread wheat genome in 21 pseudomolecules has been analyzed to identify the distribution and genomic context of coding and noncoding elements across the A, B, and D subgenomes. With an estimated coverage of 94% of the genome and containing 107,891 high-confidence gene models, this assembly enabled the discovery of tissue- and developmental stage-related coexpression networks by providing a transcriptome atlas representing major stages of wheat development. Dynamics of complex gene families involved in environmental adaptation and end-use quality were revealed at subgenome resolution and contextualized to known agronomic single-gene or quantitative trait loci. This community resource establishes the foundation for accelerating wheat research and application through improved understanding of wheat biology and genomics-assisted breeding.