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Article dans une revue
Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome
. International Wheat Genome Sequencing Consortium (iwgsc)
Arnaud Bellec
1
Helene Berges
1
Sonia Vautrin
1
Michael Alaux
2
Françoise Alfama
2
Anne-Francoise Adam-Blondon
2
Raphaël Flores
2
Claire Guerche
2
Thomas Letellier
2
Mikaël Loaec
2
Hadi Quesneville
2
Rudi Appels
3
Philippe Rigault
4
Frédéric Choulet
5
Ambre-Aurore Josselin
6
Francois Balfourier
5
Etienne Paux
5
Hélène Rimbert
5
Nicolas Guilhot
7
Philippe Leroy
5
Dominique Arnaud
8
Smahane Chalabi
8
Pierre Sourdille
5
Benoît Darrier
5
Michael Alaux 2
Mail :
Auteur
Françoise Alfama 2
Mail :
Auteur
Anne-Francoise Adam-Blondon 2
Mail :
Auteur
Raphaël Flores 2
Mail :
Auteur IdHAL : raphael-gauthier-flores ORCID : https://orcid.org/0000-0002-0278-5441 IDP INRA : https://test.federation.renater.fr/idp/shibbolethrgflores
Claire Guerche 2
Mail :
Auteur
Thomas Letellier 2
Mail :
Auteur
Mikaël Loaec 2
Mail :
Auteur
Hadi Quesneville 2
Mail :
Auteur IdHAL : hadi-quesneville ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3001-4908
Rudi Appels 3
Auteur
Philippe Rigault 4
Auteur
Frédéric Choulet 5
Mail :
Auteur
Ambre-Aurore Josselin 6
Mail :
Auteur
Francois Balfourier 5
Mail :
Auteur
Etienne Paux 5
Mail :
Auteur
Hélène Rimbert 5
Mail :
Auteur
Nicolas Guilhot 7
Mail :
Auteur
Philippe Leroy 5
Mail :
Auteur
Dominique Arnaud 8
Auteur
Smahane Chalabi 8
Mail :
Auteur IdHAL : smahane-chalabi
Pierre Sourdille 5
Mail :
Auteur
Benoît Darrier 5
Mail :
Auteur
1
CNRGV - Centre National de Ressources Génomiques Végétales (France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR1258 (France)
2
URGI - Unité de Recherche Génomique Info (INRA, Centre de recherche de Versailles, bat.18 Route de Saint Cyr 78000 Versailles - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR1164 (France)
3
Collège de Direction (Paris - France)
4
UAGPF - Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0588 (France)
5
GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (Campus des Cézeaux / Clermont-Ferrand - France)
- UBP - Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 : UMR1095 (34, avenue Carnot - BP 185 / 63006 Clermont-Ferrand cedex - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1095 (France)
6
IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (Domaine de la Motte au Vicomte BP 35327
35653 Le Rheu - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1349 (France)
- UR1 - Université de Rennes 1 : UMR1349 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- AGROCAMPUS OUEST : UMR1349 (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France)
8
IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403) - Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (Institute of Plant Sciences - Paris-Saclay
Bâtiment 630, rue de Noetzlin
Plateau du Moulon
CS80004
91192 - Gif-sur-Yvette Cedex - France)
- UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11 (Bâtiment 300 - 91405 Orsay cedex - France)
- UPD7 - Université Paris Diderot - Paris 7 (5 rue Thomas-Mann - 75205 Paris cedex 13 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR_9213 (France)
- UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne (Boulevard François Mitterrand 91025 Evry Cedex - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR_1403 (France)
Abstract : An annotated reference sequence representing the hexaploid bread wheat genome in 21 pseudomolecules has been analyzed to identify the distribution and genomic context of coding and noncoding elements across the A, B, and D subgenomes. With an estimated coverage of 94% of the genome and containing 107,891 high-confidence gene models, this assembly enabled the discovery of tissue- and developmental stage-related coexpression networks by providing a transcriptome atlas representing major stages of wheat development. Dynamics of complex gene families involved in environmental adaptation and end-use quality were revealed at subgenome resolution and contextualized to known agronomic single-gene or quantitative trait loci. This community resource establishes the foundation for accelerating wheat research and application through improved understanding of wheat biology and genomics-assisted breeding.
Type de document :
Article dans une revue
Domaine :
Liste complète des métadonnées
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01885399
Déposant : Archive Ouverte Prodinra <>
Soumis le : lundi 1 octobre 2018 - 20:05:01
Dernière modification le : mercredi 29 juillet 2020 - 09:56:06
Déposant : Archive Ouverte Prodinra <>
Soumis le : lundi 1 octobre 2018 - 20:05:01
Dernière modification le : mercredi 29 juillet 2020 - 09:56:06
Lien texte intégral
Identifiants
- HAL Id : hal-01885399, version 1
- PUBMED : 30115783
- PRODINRA : 440643
- DOI : 10.1126/science.aar7191
- WOS : 000442818200032
Collections
UNIV-PARIS7 | INRA | UNAM | UNIV-RENNES1 | USPC | GDEC | PRES_CLERMONT | UNIV-PARIS-SACLAY | BIOSIT | UR1-UFR-SVE | UNIV-RENNES | CNRS | UNIV-EVRY | IPS2 | INRAE | UP-SCIENCES
Citation
. International Wheat Genome Sequencing Consortium (iwgsc), Arnaud Bellec, Helene Berges, Sonia Vautrin, Michael Alaux, et al.. Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome. Science, American Association for the Advancement of Science, 2018, 361 (6403), pp.7191. ⟨10.1126/science.aar7191⟩. ⟨hal-01885399⟩
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