L'application de la séquence Eviter-Réduire-Compenser (ERC) n'accorde pas assez d'importance aux effets des projets d'aménagement sur les connectivités écologiques. Pourtant les politiques environnementales et l'objectif de non-perte nette de biodiversité qui en découle soulignent l'intérêt de la préservation des réseaux écologiques pour limiter la fragmentation du paysage. Le manque d'appréhension des dynamiques spatiales et de compréhension des fonctionnalités écologiques est en effet souvent mis en cause pour expliquer ces lacunes à toutes les étapes de la conception d'un projet. Nous proposons ici un cadre méthodologique englobant toutes ces étapes : de l'évaluation des enjeux de conservation, en quantifiant l'impact global d'un projet d'aménagement sur la connectivité des habitats, au dimensionnement des mesures ERC, en définissant leur emplacement optimal pour maximiser le gain qu'elles procurent. Nous couplons pour cela un modèle de distribution des espèces avec un modèle basé sur la théorie des graphes intégrant des indices de connectivités des habitats. L'application de la démarche au projet du Grand Stade dans la métropole de Lyon a mis en évidence l'intérêt de cette approche intégrée aux processus décisionnels en matière d'aménagement du territoire. Les informations offertes par cette méthode constituent ainsi une contribution précieuse à l'appui tant pour les décideurs et des concepteurs de projets qui appliquent la séquence ERC pour protéger la biodiversité, que pour les autorités environnementales.