Les fruits et légumes issus de pratiques écologiques se distinguent mal des produits courants de l’agriculture intensive, lorsqu’on les compare à l’aide des critères classiques d’analyses sur les nutriments, vitamines et oligoéléments. Toutefois, lorsqu’on économise les traitements industriels, on note la présence relativement plus importante de constituants dits secondaires, liés aux agressions et mécanismes naturels de défense des plantes : composés du type à fonctions phénoliques, pigments épidermiques et autres structures chimiques. Ces molécules douées d’un pouvoir antioxydant élevé s’opposent aux radicaux libres incriminés pour leurs effets négatifs sur l’homme. Parmi diverses substances protégeant les végétaux, la présence fréquente d’alcaloïdes, saponines et d’autres biocides naturels, ne devrait pas être considéré comme un risque sanitaire, dans les productions alimentaires bien sélectionnées. Au contraire, on pourrait les considérer comme des substances probiotiques, au niveau du système digestif humain, ceci en intervenant dans la sélection de sa flore microbienne et en stimulant des mécanismes de défenses immunitaires. Toutefois, divers xénobiotiques naturels ou de synthèse peuvent être impliqués dans certains troubles comme les allergies alimentaires. La prévention de ces dernières suppose une adaptation aux changements récents des habitudes de consommation ancestrales et individuelles acquises. Les productions intensives modernes favorisent la qualité marchande, évaluée par les critères de normalisation. Inversement, avec les cultures dites biologiques, la suppression ou la diminution des pesticides et intrants industriels donne des denrées plus hétérogènes, mais mieux typées sur le plan visuel et gustatif, dont l’intérêt sanitaire, dans une hygiène alimentaire préventive, est actuellement très recherché, au niveau de constituants mal estimés. Pratiquement, les nouvelles productions « Écologiques », difficiles à contrôler en raison de la multitude des analyses envisageable, devraient se concilier plus aisément avec une agriculture de proximité ; l’objectif serait de garantir des cahiers de charges, compatibles avec les modes culturaux traditionnels. Le respect de nos habitudes alimentaires acquises est aussi un facteur diététique à considérer