La variabilité génétique et la différenciation entre populations a été étudiée pour 11 locus microsatellites dans 15 populations de l’abeille ouest européenne. Les deux sous-espèces qui constituent ce rameau (Apis mellifera mellifera et A. m. iberica) ont une variabilité génétique plus réduite que la plupart des autres populations étudiées avec les mêmes outils moléculaires et plusieurs tests statistiques sont révélateurs d’une réduction récente de leur effectif. De plus, les profils génétiques des populations sont très comparables, du sud de l’Espagne à la Scandinavie, Les populations françaises sont plus ou moins introgressées (de quelques pourcentages jusqu’à 57 %) par des gènes de la lignée nordméditerranéenne, les races ligustica et carnica étant les principales sources de reines importées. Le pourcentage de gènes nucléaires provenant de ces races est généralement équivalent à celui des haplotypes détectés dans les mêmes populations. Les degrés différents d’introgression sont la principale source de la distance génétique observée entre les populations ouest européennes ; cependant, lorsque ces gènes sont retirés, les populations se regroupent en deux ensembles qui correspondent aux deux sous-espèces (iberica et mellifera). Ce résultat apporte donc un soutien génétique à la taxinomie de cette lignée.