L'efficacité alimentaire inclut deux composantes, l'une relative à l'efficacité digestive des aliments et la seconde à l'utilisation post-absorptive des nutriments. Pour améliorer la prédiction de l’efficacité alimentaire et en identifier de nouveaux proxys, il est important de disposer de marqueurs biologiques pertinents pour ces deux composantes. De nombreuses molécules peuvent être mesurées dans les tissus, les fluides ou les fèces de l’animal. Différents travaux au sein du projet européen Feed-a-Gene ont étudié la possibilité d’identifier des biomarqueurs de l’efficacité alimentaire globale ou de l’une de ses composantes. Pour cela, des porcs présentant des capacités différentes à utiliser l'azote induites par des leviers génétiques ou des facteurs nutritionnels, ou bien issus d’une sélection divergente sur l’ingéré résiduel ou encore choisis pour présenter des valeurs extrêmes d’efficacité alimentaire, ont été étudiés. Les signatures géniques ou métaboliques dans le muscle, le sang ou l’urine de ces animaux ont été obtenues par des technologies le plus souvent sans a prioriet à haut-débit. Les résultats valident globalement l'hypothèse selon laquelle il est possible d'identifier des molécules discriminantes des différences phénotypiques d’efficacité alimentaire, et même prédictives des valeurs individuelles. La variété des fonctions biologiques représentées par les gènes ou les métabolites inclus dans les modèles de discrimination ou de prédiction confirme la nature intégrative et complexe de l'efficacité alimentaire chez le porc en croissance. Les conditions d’une d’utilisation future de ces biomarqueurs pour raffiner les mesures d’efficacité alimentaire et permettre le tri ou la sélection d’ animaux sur ce caractère sont évoquées en perspective.