Le plasma, qui perfuse tous les tissus de l’organisme, contient des informations sur les mécanismes physiologiques des animaux. L’analyse protéomique du plasma est une stratégie prometteuse pour identifier des biomarqueurs peu invasifs du potentiel de production (performances, qualité de la viande) des animaux d’intérêt agronomique. En nous appuyant sur les avancées en biologie humaine, nous avons réalisé des développements méthodologiques pour l’analyse du protéome de plasma bovin. Le verrou majeur à lever était de dépléter les protéines dont l’abondance élevée pouvait masquer les protéines plasmatiques d’intérêt. La première étape a consisté à tester des techniques de déplétion (Normand, 2014). Trois méthodes disponibles dans le commerce ont été évaluées, dont l’une a permis de diminuer efficacement la quantité des protéines majoritaires (albumine, IgG). Les signatures protéomiques ont été analysées par Shotgun sur la plateforme d’exploration du métabolisme de l’Inra (PFEM) dans deux groupes d’animaux différant par leur efficacité alimentaire (Cassar-Malek et al, 2015). Cette analyse préliminaire a identifié 343 peptides avec un numéro d’accession unique, dont 178 étaient communs aux deux conditions. La liste des protéines communes inclut 94 protéines avec des signaux de sécrétion et 10 autres protéines potentiellement sécrétées. Les signatures spécifiques permettant de discriminer les deux groupes d’animaux sur leur efficacité alimentaire sont en cours d’analyse approfondie. Ce travail est un préalable à l’identification de biomarqueurs et les conditions de l’analyse protéomique font encore l’objet d’une optimisation afin d’augmenter le nombre de protéines détectées. Les biomarqueurs issus d’’analyses protéomiques pourront être intégrés dans les outils de détection de protéines à haut débit afin d'évaluer l'état physiologique, le bien-être et la santé, l'adaptabilité des animaux d'élevage au changement climatique, l’efficience alimentaire des animaux ou encore de prédire la qualité de la viande du vivant des animaux.