Les microbes qui colonisent le tube digestif, ou microbiote, réalisent une myriade de fonctions pour l’hôte. Le microbiote influence le phénotype métabolique, protège contre les agents pathogènes et les toxines alimentaires, stimule le système immunitaire, favorise le développement des tissus du corps, influence le comportement, et joue un rôle fondamental dans la nutrition. Pour les ruminants, le microbiote du rumen permet la conversion des aliments, inadaptés pour la consommation par l’homme ou d’autres animaux d’élevage, en lait et viande de grande valeur nutritionnelle. Toutefois, le microbiote ruminal est également responsable de la production de méthane, un gaz à effet de serre, et de déchets riches en azote. En raison de son importance pour la durabilité des systèmes de production de ruminants, les recherches visant à explorer le microbiote du rumen se développent au niveau international. A l’instar d’autres communautés complexes d'origine environnementale, la grande majorité des micro-organismes du rumen sont non cultivables et la caractérisation de leurs fonctions reste incomplète. Une approche métagénomique permettrait l'étude simultanée à grande échelle des gènes des espèces microbiennes dominantes du rumen. L'identification des gènes présents dans le microbiote du rumen bovin est importante pour mieux comprendre leur rôle dans la digestion des aliments ainsi que dans la santé et la physiologie animale. L’objectif du projet était d'obtenir un catalogue de référence du microbiote du rumen des bovins. Le projet, né d’une collaboration entre les départements PHASE et MICA, implique aussi les départements GA et CEPIA et un partenariat fort avec le BGI (Beijing Genomics Institute). Le financement a été principalement assuré par PHASE, le métaprogramme Méta-omiques et écosystèmes microbiens (MEM) et l'UMR Herbivores. Les données issues de ce projet accroissent considérablement le nombre de gènes connus pour les microbes du rumen. Le catalogue produit montre pour le rumen une diversité supérieure à celle décrite pour l’intestin de l’homme ou du rat1; 2. De la même manière, le nombre de gènes identifiés codant pour des enzymes capables de dégrader des glucides (CAZy collaboration avec B Henrissat) est 10 fois plus important que précédemment décrit3. Plus de 300 génomes microbiens ont été assemblés. Ces génomes correspondent à des espèces qui n’ont pas encore été cultivées ou décrites, et leur abondance est significativement influencée par le régime alimentaire.