Cette étude a pour but d'analyser les variations du symbiote (par empreinte moléculaire) et du biotope cæcal, en parallèle du niveau inflammatoire général (mesuré via la concentration en haptoglobine sérique), chez des lapins en croissance (35 à 58j d'âge) sains (n=80) ou atteints (n=17) d'enthéropathie non spécifique. Lors d'un épisode diarrhéique, la concentration sérique en haptoglobine double (1.53 vs 2.92 mg/L, P<0.01), l'acidité du milieu caecal baisse (+0.6 unités pH ; P<0.01) tandis que le potentiel redox est augmenté (+20 mV, P<0.05). Le poids du cæcum, sa teneur en matière sèche, sa concentration en acides gras volatils, en acétate et en NH3 baissent de moitié (P<0.01). La teneur en butyrate (C4) chute de 75% chez le lapin diarrhéique (P<0.01), et conduit à une inversion du rapport C3/C4. En revanche, la structure (R-ANOSIM=0.02 ; P=0.2) et l'index de biodiversité (4.7) de la communauté bactérienne majoritaire ne sont pas significativement modifiés.