VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity

Laure Denoyelle; Estelle Talouarn; Philippe Bardou; Licia Colli; Adriana Alberti; Coralie Danchin; Marcello del Corvo; Stéfan Engelen; Céline Orvain; Isabelle Palhière; Rachel Rupp; Julien Sarry; Mazdak Salavati; Marcel Amills; Emily Clark; Paola Crepaldi; Thomas Faraut; Clet Wandui Masiga; François Pompanon; Benjamin Rosen; Alessandra Stella; Curtis van Tassell; Gwenola Tosser-Klopp; . Consortium Vargoats; James Kijas; Bernt Guldbrandtsen; Juha Kantanen; Dylan Duby; Pierre Martin; Delphine Duclos; Daniel Allain; Rémy Arquet; Nathalie Mandonnet; Michel Naves; . Cabricoop Breeders; Hamid Rezaei; Sean Carolan; Maeve Foran; Paolo Ajmone-Marsan; Alessandra Crisà; Donata Marletta; Michele Ottino; Ettore Randi; Badr Benjelloun; Hans Lenstra; Muhammad Moaeen-Ud-Din; Jim Reecy; Felix Goyache; Isabel Alvarez; Armand Sànchez; Juan Capote; Jordi Jordana; Agueda Pons; Amparo Martínez; Antonio Molina; Carina Visser; Cord Drögemüller; Gordon Luikart; Denis Fidalis Mujibi; Hassan Ally Mruttu; Timothy Gondwe; Joseph Sikosana; Maria Taela da Gloria; Oyekan Nash

doi:10.1186/s12711-021-00659-6

Article Dans Une Revue Genetics Selection Evolution Année : 2021

VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity

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Laure Denoyelle

Fonction : Auteur
PersonId : 806747
ORCID : 0000-0001-6343-7398
IdRef : 254658601

Laboratoire d'Ecologie Alpine

Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage

Estelle Talouarn

Fonction : Auteur
PersonId : 810076
ORCID : 0000-0002-5016-0446

Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage

Philippe Bardou

Fonction : Auteur
PersonId : 737785
IdHAL : philippe-bardou
ORCID : 0000-0002-0004-0251

Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage

Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage

Licia Colli

Fonction : Auteur
PersonId : 800577
ORCID : 0000-0002-7221-2905

Università cattolica del Sacro Cuore [Piacenza e Cremona]

Adriana Alberti

Fonction : Auteur
PersonId : 183113
IdHAL : adriana-alberti
ORCID : 0000-0003-3372-9423

Génomique métabolique

Coralie Danchin

Fonction : Auteur
PersonId : 958128
ORCID : 0000-0002-0671-2792

Institut de l'élevage

Marcello del Corvo

Fonction : Auteur

Università cattolica del Sacro Cuore [Milano]

Stéfan Engelen

Fonction : Auteur
PersonId : 1322751
IdHAL : sengelen

Génomique métabolique

Céline Orvain

Fonction : Auteur

Génomique métabolique

Isabelle Palhière

Fonction : Auteur
PersonId : 1203129
IdHAL : isabelle-palhiere
ORCID : 0009-0009-6128-9569

Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage

Rachel Rupp

Fonction : Auteur
PersonId : 1203121
IdHAL : rachel-rupp
ORCID : 0000-0003-3375-5816

Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage

Julien Sarry

Fonction : Auteur

Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage

Mazdak Salavati

Fonction : Auteur
PersonId : 802084
ORCID : 0000-0002-7349-2451

University of Edinburgh

The Roslin Institute

Centre for Tropical Livestock Genetics and Health [Edimburgh]

Marcel Amills

Fonction : Auteur
PersonId : 769948
ORCID : 0000-0002-8999-0770
IdRef : 193655691

Centre for Research in Agricultural Genomics

Emily Clark

Fonction : Auteur
PersonId : 807543
ORCID : 0000-0002-9550-7407

University of Edinburgh

The Roslin Institute

Centre for Tropical Livestock Genetics and Health [Edimburgh]

Paola Crepaldi

Fonction : Auteur
PersonId : 769953
ORCID : 0000-0002-6526-2162

Università degli Studi di Milano = University of Milan

Thomas Faraut

Fonction : Auteur
PersonId : 749003
IdHAL : thomas-faraut
ORCID : 0000-0001-5156-3434

Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage

Clet Wandui Masiga

Fonction : Auteur

Tropical Institute of Development Innovations

François Pompanon

Fonction : Auteur
PersonId : 1041022
IdHAL : francois-pompanon
ORCID : 0000-0003-4600-0172
IdRef : 110557964

Laboratoire d'Ecologie Alpine

Benjamin Rosen

Fonction : Auteur
PersonId : 801139
ORCID : 0000-0001-9395-8346

USDA Agricultural Research Service [Beltsville, Maryland]

Alessandra Stella

Fonction : Auteur
PersonId : 769949
ORCID : 0000-0003-2850-3964

Consiglio Nazionale delle Ricerche [Milano]

Curtis van Tassell

Fonction : Auteur
PersonId : 771878
ORCID : 0000-0002-8416-2087

USDA Agricultural Research Service [Beltsville, Maryland]

Gwenola Tosser-Klopp

Fonction : Auteur
PersonId : 737163
IdHAL : gwenola-tosser
ORCID : 0000-0003-0550-4673
IdRef : 067312497

Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage

. Consortium Vargoats

Fonction : Auteur
PersonId : 1106645

James Kijas

Fonction : Auteur

CSIRO Agriculture and Food

Bernt Guldbrandtsen

Fonction : Auteur
PersonId : 769945
ORCID : 0000-0003-1764-135X

Juha Kantanen

Fonction : Auteur

Dylan Duby

Fonction : Auteur

Pierre Martin

Fonction : Auteur

Delphine Duclos

Fonction : Auteur

Daniel Allain

Fonction : Auteur
PersonId : 1438895
IdHAL : daniel-d-allain

Rémy Arquet

Fonction : Auteur
PersonId : 1206389
IdHAL : remy-arquet
ORCID : 0009-0007-0153-6818

Nathalie Mandonnet

Fonction : Auteur
PersonId : 735443
IdHAL : nathalie-mandonnet
ORCID : 0000-0002-9339-4971
IdRef : 153279699

Unité de Recherches Zootechniques

Michel Naves

Fonction : Auteur
PersonId : 737562
IdHAL : michel-naves
ORCID : 0000-0001-5574-1509
IdRef : 079435890

. Cabricoop Breeders

Fonction : Auteur

Hamid Rezaei

Fonction : Auteur

Sean Carolan

Fonction : Auteur

Maeve Foran

Fonction : Auteur

Paolo Ajmone-Marsan

Fonction : Auteur
PersonId : 767641
ORCID : 0000-0003-3165-4579

Alessandra Crisà

Fonction : Auteur

Donata Marletta

Fonction : Auteur

Michele Ottino

Fonction : Auteur

Ettore Randi

Fonction : Auteur

Badr Benjelloun

Fonction : Auteur

Hans Lenstra

Fonction : Auteur

Muhammad Moaeen-Ud-Din

Fonction : Auteur

Jim Reecy

Fonction : Auteur

Felix Goyache

Fonction : Auteur

Isabel Alvarez

Fonction : Auteur

Armand Sànchez

Fonction : Auteur

Juan Capote

Fonction : Auteur

Jordi Jordana

Fonction : Auteur

Agueda Pons

Fonction : Auteur

Amparo Martínez

Fonction : Auteur

Antonio Molina

Fonction : Auteur

Carina Visser

Fonction : Auteur

Cord Drögemüller

Fonction : Auteur
PersonId : 801184
ORCID : 0000-0001-9773-522X

Gordon Luikart

Fonction : Auteur

Denis Fidalis Mujibi

Fonction : Auteur

Hassan Ally Mruttu

Fonction : Auteur

Timothy Gondwe

Fonction : Auteur

Joseph Sikosana

Fonction : Auteur

Maria Taela da Gloria

Fonction : Auteur

Oyekan Nash

Fonction : Auteur

Résumé

Background Since their domestication 10,500 years ago, goat populations with distinctive genetic backgrounds have adapted to a broad variety of environments and breeding conditions. The VarGoats project is an international 1000-genome resequencing program designed to understand the consequences of domestication and breeding on the genetic diversity of domestic goats and to elucidate how speciation and hybridization have modeled the genomes of a set of species representative of the genus Capra . Findings A dataset comprising 652 sequenced goats and 507 public goat sequences, including 35 animals representing eight wild species, has been collected worldwide. We identified 74,274,427 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 13,607,850 insertion-deletions (InDels) by aligning these sequences to the latest version of the goat reference genome (ARS1). A Neighbor-joining tree based on Reynolds genetic distances showed that goats from Africa, Asia and Europe tend to group into independent clusters. Because goat breeds from Oceania and Caribbean (Creole) all derive from imported animals, they are distributed along the tree according to their ancestral geographic origin. Conclusions We report on an unprecedented international effort to characterize the genome-wide diversity of domestic goats. This large range of sequenced individuals represents a unique opportunity to ascertain how the demographic and selection processes associated with post-domestication history have shaped the diversity of this species. Data generated for the project will also be extremely useful to identify deleterious mutations and polymorphisms with causal effects on complex traits, and thus will contribute to new knowledge that could be used in genomic prediction and genome-wide association studies.

Domaines

Sciences du Vivant [q-bio] Biotechnologies Médecine vétérinaire et santé animale

Fichier principal

den1.pdf (2.92 Mo)

Origine	Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte

GWENOLA TOSSER-KLOPP : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.inrae.fr/hal-03480970

Soumis le : vendredi 17 décembre 2021-15:06:19

Dernière modification le : lundi 16 décembre 2024-17:00:03

Archivage à long terme le : vendredi 18 mars 2022-19:24:26

Dates et versions

hal-03480970 , version 1 (17-12-2021)

Licence

Paternité

Identifiants

HAL Id : hal-03480970 , version 1
DOI : 10.1186/s12711-021-00659-6
PUBMED : 34749642
WOS : 000715799400001

Citer

Laure Denoyelle, Estelle Talouarn, Philippe Bardou, Licia Colli, Adriana Alberti, et al.. VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity. Genetics Selection Evolution, 2021, 53 (1), 14 p. ⟨10.1186/s12711-021-00659-6⟩. ⟨hal-03480970⟩

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