VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Genetics Selection Evolution Année : 2021

VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity

Adriana Alberti
Coralie Danchin
Stéfan Engelen
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1322751
  • IdHAL : sengelen
Rachel Rupp
Marcel Amills
François Pompanon
. Consortium Vargoats
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1106645
Bernt Guldbrandtsen
Juha Kantanen
  • Fonction : Auteur
Dylan Duby
  • Fonction : Auteur
Pierre Martin
  • Fonction : Auteur
Delphine Duclos
  • Fonction : Auteur
Daniel Allain
  • Fonction : Auteur
Rémy Arquet
Nathalie Mandonnet
Michel Naves
. Cabricoop Breeders
  • Fonction : Auteur
Hamid Rezaei
  • Fonction : Auteur
Sean Carolan
  • Fonction : Auteur
Maeve Foran
  • Fonction : Auteur
Paolo Ajmone-Marsan
Alessandra Crisà
  • Fonction : Auteur
Donata Marletta
  • Fonction : Auteur
Michele Ottino
  • Fonction : Auteur
Ettore Randi
  • Fonction : Auteur
Badr Benjelloun
  • Fonction : Auteur
Hans Lenstra
  • Fonction : Auteur
Muhammad Moaeen-Ud-Din
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Jim Reecy
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Felix Goyache
  • Fonction : Auteur
Isabel Alvarez
  • Fonction : Auteur
Armand Sànchez
  • Fonction : Auteur
Juan Capote
  • Fonction : Auteur
Jordi Jordana
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Agueda Pons
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Amparo Martínez
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Antonio Molina
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Carina Visser
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Cord Drögemüller
Gordon Luikart
  • Fonction : Auteur
Denis Fidalis Mujibi
  • Fonction : Auteur
Hassan Ally Mruttu
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Timothy Gondwe
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Joseph Sikosana
  • Fonction : Auteur
Maria Taela da Gloria
  • Fonction : Auteur
Oyekan Nash
  • Fonction : Auteur

Résumé

Background Since their domestication 10,500 years ago, goat populations with distinctive genetic backgrounds have adapted to a broad variety of environments and breeding conditions. The VarGoats project is an international 1000-genome resequencing program designed to understand the consequences of domestication and breeding on the genetic diversity of domestic goats and to elucidate how speciation and hybridization have modeled the genomes of a set of species representative of the genus Capra . Findings A dataset comprising 652 sequenced goats and 507 public goat sequences, including 35 animals representing eight wild species, has been collected worldwide. We identified 74,274,427 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 13,607,850 insertion-deletions (InDels) by aligning these sequences to the latest version of the goat reference genome (ARS1). A Neighbor-joining tree based on Reynolds genetic distances showed that goats from Africa, Asia and Europe tend to group into independent clusters. Because goat breeds from Oceania and Caribbean (Creole) all derive from imported animals, they are distributed along the tree according to their ancestral geographic origin. Conclusions We report on an unprecedented international effort to characterize the genome-wide diversity of domestic goats. This large range of sequenced individuals represents a unique opportunity to ascertain how the demographic and selection processes associated with post-domestication history have shaped the diversity of this species. Data generated for the project will also be extremely useful to identify deleterious mutations and polymorphisms with causal effects on complex traits, and thus will contribute to new knowledge that could be used in genomic prediction and genome-wide association studies.
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Dates et versions

hal-03480970 , version 1 (17-12-2021)

Licence

Paternité

Identifiants

Citer

Laure Denoyelle, Estelle Talouarn, Philippe Bardou, Licia Colli, Adriana Alberti, et al.. VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity. Genetics Selection Evolution, 2021, 53 (1), 14 p. ⟨10.1186/s12711-021-00659-6⟩. ⟨hal-03480970⟩
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