La résistance des plantes aux agents pathogènes est qualitative lorsque la progression de la maladie est stoppée ou quantitative lorsque le développement de l’agent pathogène est réduit. Le déploiement des résistances qualitatives dans les agrosystèmes peut exercer une forte pression de sélection sur l’agent pathogène ciblé et aboutit fréquemment à la sélection de variants virulents. En revanche, les résistances quantitatives exercent une pression sélective moindre et sont souvent plus durables. Or l’impact des résistances quantitatives sur les mécanismes moléculaires associés à la pathogénicité est encore mal compris. Ainsi, nous présenterons une analyse du transcriptome in planta de deux isolats de Phytophthora capsici, l'un adapté au piment et l'autre non adapté. Nous décrirons comment des plantes hôtes, sensibles ou partiellement résistantes, modifient la régulation des gènes de P. capsici aux premiers stades de l'interaction. Parmi les gènes différentiellement exprimés par P. capsici entre les quatre interactions hôtes-isolats étudiées, nous avons identifié des gènes codant pour des transporteurs de substances nutritives et inorganiques et des gènes codant des hydrolases, suggérant leur rôle dans le développement de P. capsici qui puise ses nutriments chez l’hôte sensible après avoir dégradé la paroi cellulaire de la plante. L'analyse RNA-seq a également mis en évidence des effecteurs cytoplasmiques RxLR dont l'expression varie soit en fonction de l'isolat, soit en fonction de l’hôte. Nos résultats fournissent un répertoire de gènes de P. capsici régulés au cours de son interaction avec le piment. Le sélectionneur visera alors à créer des variétés de piment qui confèrent un état de famine chez l’agent pathogène.