Introduction. L'analyse des interactions entre les cellules et des agents pathogènes entériques nécessite l'accès aux tissus primoinfectés tel que l'épithélium intestinal de l'animal. Ceci a été entravé par le manque de systèmes appropriés de culture de l'épithélium intestinal. Notre objectif a été de développer la culture d'organoïdes dérivés de cryptes intestinales afin d'étudier les interactions de Salmonella Typhimurium avec l'épithélium intestinal nécessaire à l'établissement de l'infection. Matériels et Méthodes. Le modèle organoïde gastro-intestinal repose sur les capacités des cellules souches à se renouveler et à se différencier en diverses populations cellulaires reconstituant in vitro l'intestin dont elles ont été isolées et mimant l'organisation de l'épithélium intestinal in vivo. Résultats. Ce modèle a permis d'étudier le caractère invasif de Salmonella Typhimurium du côté apical (infections d'organoïdes en 2Dimension) et basolatéral (infections d'organoïdes en 3Dimension) de l'intestin, ainsi que son impact sur la croissance et la différenciation des cellules constituant l'épithélium intestinal par analyse transcriptomique. Conclusion : Jusqu'à présent, les effets pathologiques des organismes infectieux étaient étudiés dans des modèles animaux et des lignées de cellules. Cette nouvelle approche permet une étude plus représentative des interactions cellules-pathogènes et de réduire l'utilisation d'animaux.