La physiologie des bactéries est classiquement étudiée et comprise au niveau populationnel, selon un comportement moyen déduit d’un échantillon de cellules. Considérées individuellement, les cellules de ces populations peuvent pourtant présenter certains traits de caractères observables, légèrement différents voire extrêmement divergents, donnant lieu à de l’hétérogénéité phénotypique. Pour une même espèce bactérienne, cette diversité phénotypique est souvent appréhendée en premier lieu au niveau génotypique avec la notion de souche. Par ailleurs, dans de nombreux écosystèmes co-existent différents biotopes et biocénoses en interaction, où une multitude de micro-environnements peut entrainer une hétérogénéité physiologique. Enfin, un troisième niveau important d'hétérogénéité phénotypique est lié à l'hétérogénéité cellulaire d'une même souche dans un même (micro-)environnement qui met en jeu des mécanismes moléculaires intrinsèques. Pour les bactéries pathogènes alimentaires zoonotiques, ces aspects sont particulièrement pertinents et importants à considérer dans la chaine alimentaire où l'émergence de variants aux comportements divergents, même rare, pourrait être à l’origine d’augmentation du risque sanitaire.