Les virus d’archées sont très divers. Ils comprennent des familles de virus cosmopolites, tels que les virus caudés de la classe Caudoviricetes, également représentée chez les bactéries. Ils comportent également des familles spécifiques aux archées, dont les morphotypes sont souvent spécifiques, tels que fusiformes, en forme de baguette, de goutte, etc. Ces familles spécifiques sont actuellement essentiellement associées à des archées extrêmophiles, dont les virus ont été le plus explorés. Aussi, la distribution des morphotypes spécifiques n’est pas encore claire. Sont-ils principalement restreints aux archées extrêmophiles ? Ou sont-ils plus répandus ? Nous avons étudié la diversité de virus d’archées méthanogènes mésophiles, grâce à une approche combinant le marquage isotopique des hôtes et du séquençage métagénomique, appliquée à des microcosmes de méthanisation. Nous avons ainsi employé du 13C-formate, un substrat de la méthanogenèse, pour simultanément enrichir et marquer les archées méthanogènes. Nous avons ensuite identifié les archées méthanogènes actives par Stable Isotope Probing. Grâce à des analyses in silico des métaviromes et des métagénomes cellulaires « shotgun » séquencés, nous avons identifié une quinzaine de contigs viraux dont les hôtes prédits sont des archées méthanogènes (présence de spacers d’une part, composition en k-mers d’autre part). En particulier, nous avons identifié un nouveau virus caudé putatif infectant Methanobacterium et un nouveau virus fusiforme putatif infectant Methanosarcina. Ce dernier est très distant des autres virus d’archées fusiformes connus, d’un point de vue moléculaire. Il s’agit du premier virus putatif fusiforme identifié pour une archée méthanogène. Notons que des particules fusiformes ont été observées par microscopie électronique dans les mêmes échantillons, en cohérence avec les résultats de séquençage. Ces résultats illustrent le potentiel de découverte de virus d’archées méthanogènes dans les écosystèmes des procédés de digestion anaérobie.