Utiliser des données méta-omiques pour piloter les procédés de méthanisation : le projet DeepOmics Ariane Bize
Résumé
Afin de mieux capitaliser sur les données méta-omiques des procédés de biotechnologies environnementales, nous coordonnons au sein d’INRAE le développement informatique d’un entrepôt de données, DeepOmics (Digital Environmental Engineering Platform for OMICS data). Celui-ci permettra d’entreposer et d’effectuer des requêtes croisées sur des données de biotechnologies environnementales incluant : les paramètres de design et d’opération des procédés, les données physico-chimiques de suivi des procédés, et enfin les données méta-omiques caractérisant les communautés microbiennes de ces procédés. L’objectif de cet entrepôt est de favoriser l’obtention de FAIR data et le développement d’outils opérationnels basés sur les données méta-omiques, tels que de bioindicateurs de diagnostic pour les biotechnologies environnementales. La méthanisation et les boues activées ont été ciblés comme premiers procédés pour établir la preuve de concept de l’entrepôt. De même, les données de séquençage d’amplicons (16S rRNA gene typiquement) ont été considérées dans un premier temps. Il est prévu d’étendre le périmètre de l’entrepôt aux procédés bioélectrochimiques et aux données de métagénomique shotgun. L’accès à cet entrepôt a vocation à être étendu progressivement, notamment par le biais de collaborations scientifiques.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)