FROGS est un logiciel INRAE pour l'analyse des séquences métabarcoding, utilisé principalement pour les études de tous les microbiotes. FROGS fournit une solution ouverte à tous avec une interface graphique, conviviale et rapide. Basé sur le système de plateformes Galaxy, il permet la construction de workflow et donc la « FAIRisation » des traitements. Le logiciel est aussi utilisable en ligne de commande pour le traitement de larges jeux de données et pour une utilisation experte. Depuis son 1er déploiement en 2015, FROGS a connu plusieurs évolutions majeures : - Intégration de nouveaux algorithmes et amélioration de la qualité des données : au fil du temps, FROGS a intégré des algorithmes plus performants pour la reconstruction (vsearch), la caractérisation (swarm v3, dada2, ITSX, OTU filter) et la classification des espèces, permettant une analyse plus précise et rapide des données. Les versions successives ont vu des améliorations significatives en termes de vitesse de traitement et de gestion de la mémoire, rendant FROGS moins énergivore, plus efficace pour les plus grands jeux de données. - Ajout de nouvelles fonctionnalités : au fil des versions, FROGS s’est pourvu des outils d’analyses statistiques et d’inférence fonctionnelle. - Une compatibilité accrue : FROGS a amélioré sa compatibilité avec différents types de données e.g. les amplicons ITS (champignons) et les lectures issues de séquençage long-read. - Plus de bases de données de référence : FROGS a élargi considérablement son jeu de bases de données pour l’affiliations des espèces. Ces bases de données sont ouvertes à tous. - Déploiement sur de nombreuses plateformes : plus de 25500 téléchargements dans le monde (distribution via CONDA et Galaxy Toolshed), historiquement installé uniquement sur les plateformes genotoul Bioinfo et Migale, aujourd’hui en France, une dizaine de plateformes proposent FROGS et notamment la plateforme nationale de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB-core). - FROGS et outils satellites : des outils compagnons ont été développés par des collègues de Migale i.e. affiliationExplorer et une plateforme de description des banques de données FROGS (stage master2). - Communauté et support : le développement de FROGS a bénéficié d'une forte implication de la communauté scientifique, avec le traitement des dysfonctionnements remontés sur github, la création et le partage de tutoriels, la tenue de 2 à 3 formations annuelles (+ de 400 pers. formées) et un support technique actif pour aider les utilisateurs. FROGS a été cité plus de 700 fois dans des revues à comité de lecture de tous les domaines : santé, environnement, animaux, végétaux, humains. En résumé, FROGS a évolué pour devenir un outil ouvert, flexible, adapté à sa communauté bénéficiaire, grâce à des améliorations continues en termes de performance, de précision et de facilité d'utilisation. Des nouveautés sont actuellement en cours de développement, FROGS 5 sera mis en production sous Galaxy en 2025.