Sequencing, annotation, and pangenomics in wheat - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Access content directly
Conference Papers Year : 2022

Sequencing, annotation, and pangenomics in wheat

Abstract

Avec l’augmentation du nombre de génomes séquencés, les notions de pan- génome/core-génome deviennent prégnantes. Elles traduisent le fait que les variations génomiques entre individus d’une même espèce ne se limitent pas aux SNP. Les variations concernent la présence de séquences, usuellement les gènes, chez certains individus qui sont absentes chez d’autres. Le pan-génome désigne l’ensemble des séquences présentes à l’échelle d’un groupe, souvent une espèce, alors que le core-génome désigne uniquement les gènes partagés par tous au sein du groupe. L’identification des gènes dispensables devient ainsi un objectif particulièrement intéressant pour différencier les gènes essentiels des gènes d’adaptation à l’environnement, comme les gènes de résistance aux pathogènes par exemple. La présentation portera sur la pan-génomique des plantes avec un focus fort sur les recherches menées chez le blé. Le génome du blé est hexaploïde, de grande taille, très riche en séquences répétées, des caractéristiques qui ont longtemps été un frein aux avancées en génomique chez cette espèce. Une première séquence de référence du génome complet a été publiée en 2018, ressource qui a permis d’identifier près de 108000 gènes codant des protéines et 4 millions d’éléments transposables constituant 85% de la séquence du génome. Depuis 2018, beaucoup de données génomiques ont été produites afin d’évaluer l’ampleur de la variabilité qui affecte les gènes et les éléments transposables. La présentation fera le bilan des problèmes méthodologiques posés et de l'avancée des connaissances sur ce sujet.
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hal-04090082 , version 1 (05-05-2023)

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  • HAL Id : hal-04090082 , version 1

Cite

Frédéric Choulet. Sequencing, annotation, and pangenomics in wheat. Webinaire de l'AFBV, Association Française des Biotechnologies Végétales, May 2022, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-04090082⟩
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